楊庶堪少時讀私塾，曾中秀才，後因科舉廢除而改習新學，於成都高等學堂分設中學擔任英文教師，於1905年加入同盟會。其後，楊庶堪曾擔任永寧中學監督、重慶府屬學堂監督。辛亥革命期間，楊庶堪在重慶響應，自任蜀軍政府顧問，蜀軍政府後併入四川軍政府，楊庶堪轉任軍政府外交部長。民國成立後，楊庶堪被選為參議員，二次革命時又被推舉為四川民政長，失敗後赴日本並加入中華革命黨，任政治部副部長。
護法運動開始後，楊庶堪被任命為四川宣撫使，1920年時在熊克武支持下出任四川省長，但兩人不久決裂，楊庶堪兵敗辭職，後返廣州擔任大元帥府秘書長。段祺瑞臨時執政府成立後，楊庶堪被任命為農商總長，後轉為司法總長，但不久即辭職；北伐期間曾出任國民黨中監委。其後，楊庶堪因與蔣中正不和而淡出政界，隱居上海。抗戰期間，楊庶堪回到重慶，但仍繼續隱居生活。1942年8月6日，楊庶堪病逝於重慶。著有《天隱閣詩集》、《邠齋文存》。