李根澐於1909年考入雲南講武堂，畢業後在雲南新軍任職，曾隨新軍響應辛亥革命。民國成立後，李根澐赴日本留學，入早稻田大學，但因父喪而提前返國，後入陸軍大學。護法戰爭期間，李根澐隨其兄李根源參加駐粵滇軍，其部統稱「海疆軍」，李根澐任第一旅旅長，駐防瓊崖，不久去職。六一六事變後，李根澐參加楊希閔部滇軍，擔任第七師師長，協助孫中山擊退陳炯明粵軍，後任駐粵滇軍總指揮、第三軍軍長等，後因遭楊希閔等人所忌而再次去職。
北伐期間，李根澐一度出任第四十七師師長、豫東警備司令等，後調任沙市公安局長。抗戰爆發後，李根澐曾隨上官雲相參加淞滬會戰，後獲聘為南昌行營參議。1938年，李根澐病逝。