甘祠森早年就讀四川省立師範學校，後升入復旦大學國文系，但因偽造文憑而被退學，後轉入中國公學、之江大學、上海商學院等，於1935年畢業。甘祠森於1936年回到四川，於民生公司、金城銀行任職，後亦在重慶商學院執教。戰後，甘祠森曾參加三民主義聯合會、中國民主革命同盟、中國民主建國會等組織，宣傳民主與反戰。中共建政後，甘祠森轉入中國國民黨革命委員會（民革），並於政務院人民監察委員會（後國務院監察部）任職，在文革期間曾一度被下放農村，直到70年代後期才得以復出。1982年12月9日，甘祠森逝世於北京。留有《木樨集》等。