黃子琪於1923年進入廣州大本營軍政部陸軍講武學校學習，次年隨校併入黃埔軍校第一期，1925年初肄業，後曾隨軍參加兩次東征、北伐各戰役，1927年時被調回廣東，擔任海防艦隊「福安艦」黨代表。同年，黃子琪赴湖南參加中共秋收暴動，並出任工農革命軍第一師第一團第一營營長，但在退往贛南期間脫離部隊，不久回到南京黃埔同學會重新登記並受訓。1929年，黃子琪被派回廣西，協助中央支持的俞作柏、李明瑞穩定局勢，任廣西保安令部政治部主任；直到李宗仁回歸後辭職。
其後，黃子琪回到中央軍校任職，並曾擔任補充團團長、補充旅旅長等。抗戰期間，黃子琪在安徽兵敗被俘，後加入汪兆銘的南京國民政府，繼續擔任師長等職務。戰後，黃子琪一度被捕，獲釋後進入中央訓練團受訓，但結訓後生平便無記載。