吳奠亞於1924年進入黃埔軍校第二期輜重兵科學習，畢業後留在軍中，在北伐後被派至第三十二軍擔任參謀；後又調為鎮江公安分局局長、中央軍校軍官訓練班大隊附、洛陽分校軍官班第二總隊分隊隊長等。吳奠亞於1936年敘任輜重兵中校，此後其生平無載。