11月16日
※出生於臺南府恆春縣阿緱街（今屏東縣屏東市）
是年
※臺灣日治時期開始，半工半讀，入左營公學校（今日舊城國小）學習。
是年
※考選為臺南警員，擔任巡查補，分發到阿公店支廳
是年
※因涉嫌詐欺，被解職。
是年
※復職，入鳳山警察單位
同年
※遭行政處分而解職，隨即到關帝廟區（今臺南市關廟區）役所擔任書記
同年
※又被長官歧視而離職，無以謀生，清芳唯有參與源於羅祖教，且混合釋老的齋教活動。
是年
※他就開始經常出入台南、高雄等地區的齋堂與鸞堂，學會了如何扶乩(扶鸞)。
是年
※清芳因傳播齋教過程中，鼓吹信徒反日，又參加抗日團體「二十八宿會」，「二十八宿會」是嘉義朴子商人丁鵬所發起，丁鵬自稱會符咒法術，又說清朝北洋軍即將攻打臺灣，要民眾參加其會，共同反日，這些說詞都影響了日後的余清芳。不久「二十八宿會」遭到公家破獲，清芳遭捕入臺東「加路蘭浮浪者收容所」。
10月
※獲釋。
10月
※擔任日商保險公司的業務員
是年
※因該日本籍負責人過世，而被迫離職。
同年
※從事酒業，又因為經營不善而倒閉。
是年
※遷居臺南市區，改事米業，一度化名「邱九」，又改稱「徐清風」。
7月6日
※在遭公家通緝下，以「大明慈悲國奉旨平臺征伐天下大元帥余」名義發表了《大元帥余告示文》（多處抄襲唐朝駱賓王的《為徐敬業討武曌檄》），發動起事
7月9日
※余清芳、江定突擊甲仙埔支廳（位於今高雄市甲仙區）
7月14日
※江定之子江憐陣亡
8月
※余清芳、江定焚燒南莊派出所，逼近大目降（今臺南市新化區）。日軍、憲兵傾巢而出，與其在噍吧哖（今臺南市玉井區）交戰。余清芳曾任臺灣警察，深知警察作息，發動奇襲，攻擊多處警察廳，襲殺眾多日警甚至是其眷屬，並在噍吧哖附近的虎頭山建設堡壘，與日軍對峙，一時陣容擴展至千人以上。然而日軍一方面仔細搜山，另一方面張貼告示，勸告投降者，有機會免於處死，但又對投降者實施報復殺害。老家在當地的臺灣農民組合幹部簡蛾說，當時日軍取一竹竿作為標準，凡身高超過此竹竿者一律斬首，埋屍大坑之中，爾後四周村落家家戶戶同日舉辦忌日祭典，就
8月22日
※余清芳在王萊莊（今臺南市楠西區），鄉民設宴款待，卻在酒酣耳熱之際，將余清芳綁縛，送交日軍，余清芳與羅俊江、蘇有志、鄭利記等一千九百名教眾被捕。余清芳在獄中打算求生，寫了絕句、與文章深表悔恨，說自己是被人誤導，才會加入反抗事件。但法官並不理會，依舊判決死刑。
9月23日
※絞死，享年卅七。