發生過程：

一、事件發生

1930年10月27日凌晨，賽德克族自馬赫坡社開始行動，首先殺死了馬赫坡的駐警三人，之後沿路集結各社人馬並襲擊往霧社鎮方向的波阿隆、櫻、荷戈三座駐在所、殺死全部日警及家屬、奪取駐在所內槍彈並焚毀駐在所後朝霧社前進。接近八點時攻抵霧社，對霧社警察分室、學校、郵局、官吏宿舍展開攻擊。

最嚴重的攻擊事件發生在霧社公學校，賽德克族人一反「不獵取女人與兒童首級」的出草習俗，對參加運動會的日本人展開不分年齡、性別的砍殺。前來參加典禮的臺中州理蕃課顧問菅野政衛、郡守小笠原敬太郎均死於襲擊。

稍後起義賽德克繼續對霧社週邊的日警駐在所展開襲擊，不過由於各地駐警已陸續從逃出者與騷動聲獲知事態，多半得以事先逃離或進行對抗而生還，起事原住民的攻擊行動約持續到下午三點左右告一段落，但賽德克族人仍在霧社鎮上針對日本人進行一整天的搶奪與捕殺。當天共造成共134名官員、家長、學童等日本人死亡、重傷26名，誤殺2位著和服的漢人及一名著和服的泰雅族女性。起事賽德克族人並從警察分室及駐在所等單位，獲得槍枝180支和彈藥23,037發，同時切斷通往外地的電話線路與輕便鐵道，形成中斷對外交通的固守之勢。

二、日方動員

襲擊發生後約一小時，自公學校僥倖逃出的能高郡視學菊川孝行抵達距霧社約四公里處，尚未遭襲擊的眉溪屯駐所，報告霧社發生「蕃人大出草，內地（當時對日本本土的稱呼）人全滅」的事態，消息經由電報於當天下午傳至臺中州知事府與臺北市的總督府。由於當時盛傳起事原住民下一步將進攻埔里，因此日方當日即動員警察與在鄉軍人於埔里展開防備，並將當地日本人集中至埔里糖廠(今埔里酒廠廠區)進行保護。

事件爆發，總督震驚，臺灣總督府參事官持地六三郎提出「蕃人即禽獸論」，主張對謀反的「生蕃」擁有討伐權。總督石塚英藏下令緊急調派臺灣各地之軍、憲、警部隊進攻霧社，由臺灣守備隊鎌田彌彥少將擔任總司令。除派屏東第八飛行連隊之飛機，到霧社山區實施偵察和威嚇飛行外，並調派臺北州、臺中州、臺南州、花蓮港廳之駐軍及警察編成隊往埔里、霧社前進，進攻發起事件之原住民。同時，基於「以夷制夷」的策略，亦積極驅使其他和莫那魯道敵對的原住民，如：屯原社（今臺十四線道路終點，能高越嶺道起點，屯原。）擔任第一線鎮壓武裝部隊。

三、雙方交戰

抗日六部落族人主要利用山區天險，分成「塔洛灣」及「馬赫坡」二條戰線與日軍對抗。塔洛灣戰線由荷戈社頭目塔達歐‧諾干率領，馬赫坡戰線由莫那‧魯道率領，然而彼此間似乎並未建立明確的指揮系統。1930年10月31日，日軍以各部族村落為目標發起總攻擊，雖遭到起義原住民反擊，但至11月1日除馬赫坡社外其他各社均為被軍警佔領，塔達歐‧諾干亦戰死。抗日主力退到馬赫坡社，其餘散在各溪溪谷。11月2曰馬赫坡社亦被軍警佔領（日方同時在村中發現了大量原住民私下儲存的黑色火藥），起事原住民完全退入山中，大部分退至馬赫坡、塔羅灣兩溪溪谷，利用懸崖絕壁的有利地勢與日方作戰。

11月5日，臺灣軍臺南安達大隊在馬赫坡社東南方高地附近與賽德克族人爆發激戰。由於此戰傷亡過大，且起義原住民已退至素有天險之稱的馬赫坡絕壁，日方因此改變策略，改以防線封鎖、炮兵炮擊及以飛機投擲炸彈的方式對岩窟進行圍攻。期間並以山炮發射疑似「糜爛性毒氣彈」（路易斯毒氣彈）之瓦斯彈，及讓飛機投擲白磷燃燒彈等違反國際公約的『科學的攻擊法』，對躲藏在密林中的原住民進行攻擊。

同時，日人利用「以夷制夷」的策略，以提供賞金和槍枝彈藥為條件，利用週邊原本即因爭奪獵場、既有糾紛而與起義各社存有嫌隙之道澤、土魯閣、萬大、馬力巴、白狗諸族群，組成「味方蕃」襲擊隊，協助日人軍警部隊作戰。

四、事件結束

由於起事時秋季農作大多尚未收穫，村落也遭日軍攻佔，起義原住民很快就陷入糧食不繼的狀態，對日方的反抗活動自11月中旬規模日漸縮小及喪失組織性，許多起事部落的婦孺不願拖累戰士，於起事及包圍期間循傳統於巨木下自縊，殘存者則在日軍飛機空投勸降傳單的政戰攻勢下，陸續向日方投降。至當月下旬起義原住民僅剩下數十人仍潛伏以游擊戰方式苦撐，日方也在11月底宣布任務達成並撤走大部份軍隊，進入殘敵掃蕩階段。

參與起義之主要人物多半於事件中死亡：莫那‧魯道見大勢已去，命其妻巴幹‧瓦利斯（Bakan Walis）在耕作小屋自縊，接連槍殺兩名孫子，棄屍於耕作小屋，連同妻子的屍體一同放火燃燒。然後帶著三八式騎銃，獨自進入深奧內山，在大斷崖飲彈自殺，四年後才為人所發現。莫那‧魯道長子達多‧莫那帶領最後的五、六名戰士，在回絕了妹妹馬紅‧莫那及熟識日警樺澤重次郎警部的勸降後，於12月8號在山中自縊，比荷‧瓦里斯於包圍期間因毒氣傷害自縊，比荷‧沙波則於12月12日為味方蕃補獲，隔年三月死於日方看守所。

歷史影響：

一、日本理番政策的改變

霧社本是總督府理番政策的重點地區，依然出現大規模的反抗。因此總督府修正了對臺灣原住民的種族歧視政策，並加速皇民化教育，加強思想改造，並將原住民強制遷移到平地定居，由狩獵改為農耕生活。

1931年5月6日，日本官方強制起義的六社全部遷移到北港溪流域與眉原溪交會處之川中島，以集中監視，並將六社合成一社改名為「川中島社」（今日的清流部落）不得回原籍，從此霧社地區賽德克族永離祖居。

二、賽德克族的分崩瓦解

賽德克六社從高山遷至低原區，遺族多水土不服，許多人染痢疾、瘧疾而死，亦有因憂恨而自殺身亡者；潛回原居地者4人，3人處死，1人年幼飭回。之後，日方舉行「歸順典禮」，帶走23名遺族壯丁，此23人皆被刑求而死於獄中。約在同時，巴蘭社群也被以類似手法補殺了16名曾參加起義的男子。

太平洋戰爭期間皇民化政策下，誘導青年丁壯參加高砂義勇軍，有身為日軍身份而陣亡者。最後六社遺族僅剩老弱婦孺200多名（約霧社事件前五分之一），原抗日六社居住地的霧社地區，日方則無條件撥給於一、二次霧社事件中協助日方的「味方蕃」，永久居住。