南京會議於5月18日開第一次會，出席南京會議的17省代表名單是：江西何恩溥、程用傑，山西崔廷獻、李駿，山東孫家林、丁世嶧，河南畢太昌、葉濟，奉天趙錫福、王恩洪，吉林張恕、戴藝簡，黑龍江李景林，湖南陳裔時，湖北馮煦、楊文愷，福建賈文祥，上海趙禪、王濱，直隸吳燾、劉錫鈞，熱河夏東驍，察哈爾何元春，綏遠熊開先，徐州萬繩栻，蚌埠裴景福。19日開第二次會議，20日第三次，21日開第四次，至22日第五次會議因無結果散會。

在第一天，山東代表丁世嶧提出袁必須退位的建議，丁世嶧是辛亥年首先在山東策動獨立的人，籌安會成立前，他曾密呈袁主張改行帝制。湖南代表陳裔時附和丁的建議，各省代表也沒有反對，看起來，袁退位問題在南京會議第一次會議中已占了極大的優勢。不料當天晚上形勢為之一變，倪嗣沖帶了三營衛隊趕來南京，倪本來已派了裴景福為代表出席南京會議，他率領衛隊來開會，顯然是奉了袁的密令來監視會議的。

5月19日第二次會議，倪嗣沖首先發言，主張維持袁的總統地位。丁世嶧站起來反對倪的意見，湖南代表陳裔時、湖北代表馮煦、江西代表何恩溥先後發言，附和丁的意見。

張勳的代表萬繩栻支持倪的意見，反對袁退位，因此其他的代表遂不敢對此問題發言，於是會議中對於袁退位問題便作不出結論。

5月20日南京會議舉行第三次會議，馮國璋首先聲明：關於退位問題，本會無權表決，應召集國會來討論決定。與會代表一致同意，可是又提不出召集國會的辦法。

5月21日的第四次會議和22日的第五次會議經過了一再磋商，才決定了丁世嶧的提案，且為馮國璋所贊同的辦法，通電邀清西南獨立五省代表參加南京會議，解決總統問題。

倪嗣沖對於和西南五省代表共坐一桌開會討論是完全不贊成。同時，張勳一心想取得督理江蘇軍務，內心亟願把馮趕走，因此便和倪採取同一態度，張、倪遂聯合起來反對馮，並主張繼續對西南用兵。

馮國璋在南京會議中多處碰壁，除與張、倪不同心外，西南五省也聯合通電拒絕參加南京會議，馮國璋最後只能宣布保境息民，結束會議。

歷史影響：

馮國璋意圖通過南京會議逼迫袁世凱下台，由他取而代之。但由於倪嗣沖的破壞和各省區將軍代表謀略不一，遂使南京會議夭折。馮國璋弄巧成拙，反被輿論斥責為：「與其名為解決袁氏地位之會議，毋寧名為解決自己地位之會議。」

不過，袁世凱復辟帝制確實激起了全國人民的憤怒，導致護國戰爭爆發，北洋軍閥集團也因此內部四分五裂，袁世凱於1916年6月6日在全國人民的聲討聲中，憂懼而死。在此過程中，馮國璋是起了一定作用的。

原本希望能登上總統大位的馮國璋，在袁世凱死後，並未能俗願，1916年10月黎元洪繼任總統，馮國璋被選為副總統。