1950年1月，陳賡率領中國人民解放軍發動滇南戰役，意圖殲滅國軍在雲南最後兩支部隊第八軍、第二十六軍。

1月14日，李彌和余程萬飛往台灣。李彌參加3次最高軍事會議，報告最高長官願意留在雲南，建立基地。1月17日，李彌、余程萬和陸軍總司令顧祝同及張群同機飛返第二十六軍防地雲南蒙自，在海南島途中，第二十六軍已有1個團撤到海口，余程萬留下來整頓。當晚，李彌通宵召開軍事會議，第二天隨顧祝同和張群飛往西昌。

由於受命防守國軍撤退要道元江鐵橋的第八軍170師師長孫進賢叛變投共，國軍約六萬人在元江被解放軍殲滅。李國輝時為第八軍第二三七師709團長，率領約千人突圍逃出，但最後僅殘存600多人。

3月，李國輝團長的600多人自雲南、廣西、貴州南部退至緬甸境內，在孟棒與第二十六軍第九十三師第二七八團副團長譚忠的部隊約800多人會合，共約1500人，這是孤軍最早的起源。原計畫是通過中南半島北邊的叢林至泰國回台灣，但是與台灣取得聯絡後，發現計畫難以執行而取消。5月，雙方部隊改編後名為「中華民國復興部隊」，人數已增至3000多人，李國輝、譚忠分別擔任總指揮、副總指輝。

緬甸政府最初對孤軍不以為意，但在派官員了解孤軍實際情形後，1950年3月13日，緬甸國防軍總參謀長吳奈溫在景棟舉行記者會，表示緬軍會解除孤軍武裝，防止中國的反共武力從緬甸獲得軍火。緬軍指揮官要求孤軍於4月30日前撤出緬甸，李國輝不與理會。緬軍在景棟實施戒嚴，准備軍事行動。雙方在6月3日舉行談判，結果緬軍拘禁兩位孤軍談判代表丁作韶、馬鼎臣，緬軍於6月8日向李國輝發出最後通牒，如果不立即撤出緬甸，將使用武力，並拘禁景棟的1700名華裔居民，以免他們協助孤軍。

李國輝要求緬方釋放孤軍談判代及華裔居民，緬軍不要進入大其力。雙方談判破裂。1950年6月至8月間，緬甸國防軍以空軍與砲兵支援地面兩萬兵力攻擊孟果、大其力的孤軍，被李國輝率部擊退，緬軍1500人陣亡，3000餘人受傷，孤軍408人陣亡，602人受傷。孤軍大敗緬甸國防軍的消息引起東南亞各國媒體重視，也引起蔣中正的重視。

孤軍重新整編各處失散的部隊，在猛撒興建機場，建立雲南省反共抗俄大學。這支軍隊在緬甸境內活動引起緬甸輿論反對，逐漸變成緬甸與反共救國軍的戰爭。反共救國軍曾協助寮國國王與寮國共產黨作戰。1950年韓戰爆發，美國傳來合作意願，中央情報局1951年2月起經由曼谷提供武器，由民航空運公司空運給孤軍。

1951年春，孤軍成為直屬國防部的「雲南人民反共救國軍」，轄兩個師，李彌擔任總指揮官，呂國銓少將擔任副總指揮；原709團改編為第一九三師，擢升李國輝將軍為師長，第九十三師由彭程任師長。

國民政府希望孤軍能展開反攻雲南的計畫，於1951年2月中旬至3月下旬開始進行整編裝備、籌劃補給、招募人力。3月下旬至4月下旬進行密集軍事訓練。

1951年5至7月正式反攻雲南，先攻克滄源、耿馬、後攻下瀾滄、雙江等14個縣市鄉，孤軍並且在滄源建立雲南人民反共救國軍軍事指揮所。

6月上旬中共解放軍大舉進駐昆明、大理、楚雄，之後中共解放軍以絕對優勢兵力進行反攻。

6月中旬孤軍主力在瀾滄被中共解放軍徹底擊潰，孤軍殘部分別先後退守耿馬、雙江等據點。6月下旬耿馬、雙江先後被中共解放軍反攻，其餘孤軍殘部最後退守滄源軍事指揮所。

7月上旬孤軍在滄源軍事指揮所被中共解放軍大舉圍攻，孤軍擊退第一波中共解放軍，由於傷亡慘重，後勤補給不濟，人力缺乏而難以再固守據點，但因失去戰略考量下，孤軍並於二日後全體撤出滄源。在中共解放軍以強大的優勢兵力追擊進攻下，孤軍無力再反攻雲南，於7月中旬孤軍全部撤出雲南。

1953年，緬甸與蘇聯在聯合國控告中華民國「入侵」，聯合國大會通過決議，要求孤軍放下武器，退出緬甸。中、美、泰、緬舉行四國會議讓孤軍撤回台灣。後來蔣中正遭受國際輿論壓力，表面將該部隊解散撤回台灣。

孤軍第一次撤退來台分成三批：第一批（1953年11月7日至12月8日）2260人；第二批（1954年2月14日至3月21日）3475人；第三批（1954年5月1日至5月9日）820人。加上其他人員，第一次撤退總人數是6986人。

第一次撤退後，1954年中華民國政府將原雲南反共救國軍未撤退部隊中較精良的人員重新整編為「雲南人民反共志願軍」，以志願軍名號繼續滯留在佤山區域反共作戰，以表示與中華民國政府無關。

孤軍改編為五個軍，1954年10月1日，國防部參謀總長彭孟緝派柳元麟少將出任雲南人民反共志願軍總指揮。

志願軍總部原設在賴朗。1955年1月，緬軍發動了「楊芝昂」攻勢，志願軍稱為「緬東基地保衛戰」。5月25日，緬東基地保衛戰結束，志願軍擊敗緬軍，總部及五軍由賴朗遷往老羅寨。1956年6月2日，志願軍總部遷往蕩俄（老羅寨）。1957年1月16日，總部遷往江拉。

1960年中緬簽署邊界條約後，在解放軍與緬軍聯合進攻下，孤軍撤出緬甸。江拉之戰失利，志願軍撤出緬甸。美援武器曝光導致美國對中華民國態度轉變，蔣中正面對國際輿論壓力，不得不表態將中國軍隊撤出緬甸，遂於1961年撤消了雲南人民反共志願軍部隊番號，將志願軍撤往臺灣。聯合國經泰國同意，安排孤軍到泰緬邊境的金三角和清萊美斯樂，一部份分三批52個梯次撤回台灣；另一部份在屬荒山野嶺的邊陲地帶。

1961年的第二次撤退，其中第一、二、四軍4200人撤到台灣，6000人到寮國。

在泰國，孤軍收到運自台灣的新式美製武器，重整成一支精銳部隊。據遺老回憶及總統府公開之相片佐證，1953年7月，蔣中正曾遣蔣經國前往巡視，可見其所重視之程度。蔣中正指示「擇佳機，圖反攻」，自願接受「明撤暗留」指令的志願軍人，後來都能在當地收到從台灣運來的軍需物資。

但是為避免困擾泰國，反攻上仍須途經緬甸境內，緬軍與中國人民解放軍以眾擊寡的圍剿仍舊不斷，聯合國再次介入調停。由於孤軍多數都是雲南人，思鄉情濃，依然遵照「明撤暗留」指令。不同的是這一次形同向國際宣告，「當地軍人」不再有任何行動，以後與中華民國政府無關。

第二次撤退時，第三、五軍沒有撤離，而是留在泰緬邊境，成為泰北孤軍，統轄權歸於泰國政府，泰方稱之為「國民黨中國軍隊難民」，第三、五軍後來為泰國政府收編，協助泰國政府清剿泰共。第三軍最後駐地在唐窩、第五軍最後駐地在美斯樂。

因生存需要，應泰國軍方要求，孤軍主將段希文、副將李文煥、參謀長雷雨田與內部決議，出面協助遠征泰國政府非常頭疼又久攻不下的苗共和泰共。經孤軍多番血戰，最後完全將之平定，孤軍死傷過半。消息傳至曼谷，對泰國政府言之，乃天大喜訊，孤軍用生命換取勝利的奮鬥精神感動泰王蒲美蓬，主動邀請孤軍將領踏上曼谷之路，御賜公民權和居留權，由此確定孤軍在泰北以傭軍形式長久駐留之必要。在頒授典禮上，段希文向泰王蒲美蓬跪下領受，感激其願意收容孤苦無依的難民軍。

由於泰國人仍難以充分信任這批外籍軍人，在泰國反對黨要求下，生活圈完全侷限於泰國北部，子弟被要求不可以赴泰國一般鄉鎮或城市求職，僅允留住當地。起初約20年時間，這批客寄在泰緬邊境的荒野的國軍，生活形式猶如難民。至1982年，始經作家柏楊親訪，方披露了孤軍在當地過著沒水沒電的生活，引發香港和台灣的救濟風潮，孤軍的生活型態和子弟的教育方有所改善。

歷史影響：

局勢安定後，許多孤軍自緬甸撣邦、克欽邦撤出，參與掃蕩泰國境內苗共、泰共等叛亂團體的泰緬孤軍第一代已逐漸去世。多數自局勢較為穩定後所出生的孤軍第二代，多接受中華民國傳統教育，追認中華民國中央政府所在地之台灣為祖國，因此情感上對台灣前來的人員多抱有親切感；而自台灣前去泰北清萊一帶的相關官員和民間團體，亦由於知此歷史因素，對孤軍後裔始終懷抱歉意、同理心和親切感，從而拉近了交流上的情誼。

孤軍後裔目前在泰北多過著安定而簡樸的生活。教職人員出於尊師重道的傳統，並且可與來自台灣的同胞和官員有相當密集的接觸，是個相當令人稱羨的職業。惟泰北地區幅員廣大，目前相關資料仍需有心人士參與提供並編輯，如此泰北人民的生活型態及資訊方能更全面且多元。

孤軍自第三代起，一部份於泰北落地生根，生活型態接近小康。

由於在泰國及緬甸政府未予於泰緬境內出生的孤軍後裔擁有一般身份之下，除了語言和生活習慣與當地人民一般，卻由於形同僅持居留權，發展受限於泰北山區，要如一般華裔泰國人般地完全融入泰國主流社會仍有著看不見的阻礙，因此用功唸書回台灣深造發展是子弟最穩當的坦途之一，父母遂對此多抱以全力支持。

在香港、泰國、台灣和當地居民的捐款下，位於美斯樂的泰北義民文史館於2004年2月20日落成，成為泰北孤軍子弟的新精神堡壘與旅遊景點

關於泰緬孤軍，作家柏楊曾親訪並著有《異域》一書，導演朱延平也曾執導電影《異域》，讓泰緬孤軍的事蹟廣為人知。