日佔時期初期，酒井隆實施戒嚴令，日軍於九龍尖沙咀半島酒店發佈行政指令。日本軍政府（包括政治部、民事部、經濟部、司法部及軍事部等）制定嚴厲的法例及設立管轄全港市民的政府。共有7000多名戰俘（包括英軍及市民）被囚禁於深水埗和赤柱的戰俘營，戰俘備受飢餓、病患之苦。同時日本軍政府封鎖維多利亞港、控制海旁的貨倉。

1942年1月，香港警察被徵召成為憲兵。日本憲兵將警區分為5區，東香港、西香港、九龍、新界及水警。總部位於香港島中環前法國外方傳道會大樓（今香港終審法院）。

1942年2月20日，「香港占領地政府」[註 1]正式成立，由日軍磯谷廉介中將出任香港總督，結束了軍政府時期。政府總部設於香港島中環的香港滙豐總行大廈，半島酒店則改為軍方總部。香港占領地總督部成為了當時香港最高的行政機關，亦是日本戰時內閣的直轄機構之一。而香港的地位相等於當時的台灣和朝鮮，故日本並沒有於香港籌組傀儡的「自治政府」。

日本人在新政府（包括民治部、財政部、交通部、經濟部、報導部、管理部及外事部）佔據了多數重要職位，華人只可以擔當一些中低級職位。但日本為了達到「以華制華」的目的，也成立了「華民代表會」及「華民各界協議會」這兩個華人組織。華民代表會為總督的咨詢機構，有委員四名（羅旭龢、劉鐵誠、李子方及陳廉伯）。而華民各界協議會則有委員22名，負責向華民代表會提供意見。與英治時期的行政或立法局不同，華民代表會或協議會並無法律上權力。

在日本控制下，基本的行政區域架構由民治部於1942年3月成立，將香港島分成12區，九龍分成9區，新界分成7區（見香港日治時期行政區劃）。每個區都設立一個區役所，並指派一個中國人作為所長，管理該區的大小事務、代表該區市民的所需。這行政架構於磯谷廉介統治下重新設計，奠定了香港日後發展分區管治的基礎。此外，占領地政府向香港市民發出「住民證」，是香港首種出現的身份證明文件。

淪陷時期，很多主要的工廠被日本人奪取，小至小販、大至銀行都很貧窮。很多公司都倒閉，米、糖、麵粉、油都面臨短缺，需要定額配給。燃料短缺加上美國的轟炸，使公共交通陷入停頓。造船業和建築業的人無家可歸。在農業方面，日本在新界地區的粉嶺和錦田石崗機場建設耕地，他們亦曾打算在吐露港填海。

為了提升日本在香港的影響力，匯豐銀行、渣打銀行與有利銀行等外國銀行遭到清盤，英國、美國及荷蘭等同盟國的銀行家被迫住在小酒店。而兩間日本銀行，橫濱正金銀行和台灣銀行則在香港重開，日本的銀行並向外國銀行發出債項。

由於食物短缺，為了緩減人口壓力，日本在佔領期間執行歸鄉政策，軟硬兼施強迫大量市民歸鄉，市民被迫驅逐至中國大陸。1942年1月，由佔領地政府民治部成立的「歸鄉指導委員會」，每月均安排火車和輪船將市民強迫離港，但這些交通工具只將人送出境，離境後回鄉的路途就要各人自理，更多人付擔不起路費，只能徒步回鄉。當時香港既已淪陷，市面糧食不足，生活艱難，因此很多港人選擇離港回鄉。同年12月，已有60萬名市民離港，其中不少家庭於途上分散，或被迫拋棄幼兒、老人，或途中餓死、病死，至於途中被洗劫一空者更不計其數。而於後期，憲兵隊更在街頭隨意捉人強行押解離境。結果在1945年，香港的人口由1941年的161萬人跌至60萬人。

當時香港很多交通工具都被戰火摧毀。而日本當局亦將全香港的巴士、的士及貨車等充公，其中不少成為了軍用物資，其餘車輛則撥歸由日方成立的「香港自動車運送會社」，提供有限度的公共交通服務。1942年起，香港電車、山頂纜車及天星小輪亦逐漸投入有限度的服務。九廣鐵路亦於1943年恢復通車。由於燃料嚴重不足，公共交通工具經常停駛，在香港島出現了載客的單車、三輪車，及由載貨手推車加上座椅和頂蓬而成、可坐2至6人的裝人手推車，沿電車路線行走西環至銅鑼灣一帶。而九龍半島，則曾經出現過馬車作為公共交通工具，行走於彌敦道一帶。

在日本統治下，人民生活艱苦，沒有充足的食物供應，由1942年開始由日本定額配給日用品如米、油、麵粉、鹽和糖。每個家庭都有一張定額配給許可證，每人每天只可以買六両四的白米。由於沒有其他充足的食物，六両四白米明顯不足。於是很多人只能以樹葉、樹根、番薯藤、木薯粉或花生麩勉強充饑。其後白米亦缺乏，改為配給日本蘿蔔作糧食。因為糧食日趨缺少，日方的定額配給制度於1944年取消，改以自由買賣，但更多市民因付擔不起食物價格瘋狂通脹而餓死。

歷史影響：

戰後香港發展迅速，加上當時的香港政府積極去日化，戰後遺留至今的日治痕跡不多，但有些地方仍保留著日治時期的痕跡。立法會大樓及滙豐總行大廈銅獅子上皆有保衛戰時留下的子彈孔，拔萃男書院於禮堂門前有於校園內挖出的日本軍刀，傳說今日英皇書院的水池則是日佔時期的炸彈洞改建而成的。

至今仍有不少地方未能恢復戰前原貌。例如獅子山山頭依然只有很少樹木，而蝴蝶谷的生態破壞亦使蝴蝶從此絕跡。

在建築方面，今日的禮賓府依然保留着當時興建的日式的屋頂及塔樓。戰後的香港政府於今香港大會堂修建了紀念花園，是主要的紀念建築。在香港歷史博物館內則展有一批日治時期文物，其中包括當年掛在日軍佔領地政府總部（原滙豐銀行大樓）正門的「香港占領地總督部」門牌。

日軍在日佔時期設立了「香港市民圖書館」，是香港的較早期開放給公眾的公共圖書館，其藏書今收於香港大學圖書館內。港日政府開香港分區及簽發身份證之始，於戰後一定程度上被沿襲下來。

日本佔領期間的「歸鄉政策」亦間接使不少香港居民喪失在香港原有的權利。由於早期英國對香港人移民的政策仍然寬鬆，在1950年代，只要有香港的永久居留權，就可以在英國定居，而當時只要在香港出生，就可得到永久居留權。不過因為日本的歸鄉政策，不少兒童在戰時移居中國大陸。當他們回到香港之後，有不少人由於各種原因（例如：記錄遺失或被燒毀）而未能確認其香港出生地位，被當作在中國內地出生。隨著後來英國收緊移民政策，這一部分人亦失去了移居英國的權利。

當香港淪陷時，中國著名作家張愛玲正在香港大學唸書。她的小說《傾城之戀》就是根據當時她的所見所聞和從友人處聽到的故事受啟發寫成。《傾城之戀》小說後來在上海被改編為舞台劇，近年香港話劇團再改編為《新傾城之戀》上映。此外，香港演戲家族分別於1993、1994及2000年，上演以日佔時期為背景的音樂劇《遇上一九四一的女孩》。