1935年4月，中共中央駐共產國際代表團因上海中央分局機關在1934年10月遭敵破壞，把上海分局下屬的滿洲省委書記楊光華、宣傳部長譚國福、組織部長趙毅敏調到蘇聯審查，滿洲省委機關由團省委書記小駱（張文烈）留守。東北境內的黨組織與抗日武裝通過吉東特委中轉中共代表團的工作指示。

《六三指示信》是1935年6月3日由中共中央駐共產國際代表團團長王明，副團長康生共同署名發給東北地區黨組織的《給吉東負責同志的秘密信》，也稱「王康指示信」，由吉東特委（李范五任書記）轉發給北滿的黨組織。指示信提出了一個全新的政策，即實行全民反日統一戰線，不分黨派、階級、民族的反日統一戰線。這與共產國際七大提出的反法西斯人民陣線，以及《八一宣言》的主張廣泛的抗日統一戰線，糾正只搞「下層統一戰線」的關門主義錯誤的精神都是一致的。

兩個多月之後，《八一宣言》以同樣的渠道轉送到東北各級黨組織。為此，1936年2月，東北人民革命軍改編為東北抗日聯軍。楊靖宇領導的南滿省委、周保中領導的吉東特委都貫徹執行了《六三指示信》。1936年至1937年的兩年中，東北抗日聯軍處在一個大發展階段。到了1937年，東北抗日聯軍共編成11個軍，人數達2萬5千至3萬人。其中第1至第7軍是中共黨組織直接領導武裝，第8、9、10、11軍是統戰性質的非黨抗日武裝。

由於趙尚志認為吉東特委和中央駐東北代表都不可信，對《六三指示信》和補充信的某些觀點和批示持有不同意見，對駐共產國際中共代表團的來信的真實性、正確性產生懷疑。1936年9月召開了珠河、湯原中心縣委和抗聯三、六軍黨委聯席會議，作出政治決議和組織決議，批評《六三指示信》總的精神是右傾的，決定成立北滿臨時省委，選選馮仲雲為臨時省委書記（後為張蘭生、金策），並派出代表到莫斯科找駐共產國際中共代表團直接反映情況與建立聯繫。

東北抗日聯軍共有11個軍。1936年7月、1937年10月、1939年5月分別合編於第一、二、三路軍，分別由楊靖宇、周保中、李兆麟為總指揮。分別由中共南滿省委、吉東省委、北滿臨時省委領導。 第2路軍轄抗聯第四、第五、第七、第八、第十軍。1937年，根據中共北滿臨時省委決定，東北抗日聯軍總司令部改為北滿抗日聯軍總司令部，轄第三、六、九、十一軍，趙尚志為總司令，李兆麟任總政治部主任兼六軍政治委員。趙尚志所率領的游擊隊在1935年編為哈東支隊時，只有數百人，1936年到1937年的兩年期間，收編幾支較大的抗日山林隊，第3軍發展到6千餘人。

東北抗日聯軍在七七事變後，曾積極配合關內軍民抗戰。後因缺乏補給，日軍聚集圍剿並採取良民證制度和搬遷民眾實行隔離，部隊損失很大。1938年冬天，東北抗聯只剩下共產黨直接領導的隊伍5000餘人，其他統戰性質的抗日武裝已經全部瓦解或投敵。到1940年冬天，東北抗日聯軍只剩下不到1000人。

1940年10月，遠東蘇軍以王新林的名義發出電報，要求抗日聯軍的軍以上領導人到伯力市開會，並說屆時將有中共中央代表蒞臨。至當年12月底，周保中、李兆麟、馮仲雲、金策、崔石泉（崔庸健）、柴世榮、季青、王效明、金日成、安吉、徐哲等陸續在部隊的護送下分別從蘿北、饒河、琿春等邊境地帶來到了伯力市。實際上，這是遠東蘇軍的藉口，可能與正在談判的《蘇日中立條約》有關。

1940年底，退入蘇聯境內的抗聯部隊（主要是冬季被日滿軍隊循雪地腳印追繳無法立足的抗聯第2路軍部隊），駐紮在伯力市東北75公里的維亞茨科耶村以南的黑龍江邊的森林野營地。稱之為北野營。1941年3月下旬，第三路軍的李兆麟、金策、王明貴，第二路軍的王效明、姜信泰，分兩批率小部隊返回東北重新投入抗日鬥爭。但隨即因1941年4月簽訂的《蘇日中立條約》，在蘇聯境內的抗聯人員不再能過境回東北從事抗日游擊。只好在蘇聯境內長期整訓，並等待時機再返戰場。

1941年6月，蘇聯衛國戰爭爆發。1941年7月，北野營的全體抗聯戰士，到伯力市郊區一個空降兵訓練基地進行了傘兵訓練，為期一個月，每個人高空跳傘十多次。沒有發生任何事故。

1941年12月，太平洋戰爭爆發，蘇聯在遠東地區面臨的對日戰爭危險解除。周保中等抗聯領導人下決心要為野營人員制定長期的訓練計劃，將南野營（位於濱海邊疆區雙城子的蛤蟆塘）的抗聯人員（主要是抗聯第1路軍）全部集中到北野營來，組建一個教導團，並聘請蘇聯人充任教官，而行政管理工作與中共黨的組織系統則由抗聯人員自己負責。王新林代表蘇方完全同意。

後蘇方批示建制為步兵旅，授予蘇軍正式番號。理由是第一為了保密，不使東北抗日聯軍教導旅這樣的字樣出現在蘇軍的上下公文之中；第二為保證供應，今後這個旅的軍需財務、武器供應都將正式列入遠東軍的預算之中，軍官和士兵都享受與蘇軍同等的待遇，授予軍階，發薪金等；並用蘇聯遠東少數民族戰士（含華裔）把員額補足到1500人。1942年7月，南野營的全部抗聯人員轉移到北野營；周保中與王新林從伯力來到北野營，宣布了教導旅組建命令。

1945年5月初，納粹德國戰敗投降。抗聯教導旅轉入了緊張的臨戰訓練。十幾名參加過對德戰爭的蘇聯軍官被調到88旅任職，將最新的實戰經驗傳授過來，還帶來了最新版的步兵戰鬥條令。凡是從伯力市返回北野營的蘇聯軍官，都會帶來一些最新見聞：大批的蘇軍在西方前線部隊轉移到遠東地區，大批的火炮坦克經鐵路運輸呼嘯而過等。教導旅的伙食標準有了提高，黑麵包變成了白麵包，過去看不見的黃油擺在了早餐的餐桌上，午餐肉食的定量也增加了。有對德前線戰鬥經驗的蘇聯軍官說這是第二線作戰部隊的標準，在此之前是按後方部隊供應的。至1945年8月初，數十名教導旅的抗聯人員從北野營被調出，擔任空降先遣組任務。

1945年八月風暴行動前夕，抗聯教導旅僅有700多人，其中約五分之二是朝鮮族或朝鮮籍。擔負先遣偵察任務空降到東北各地。在國內抗聯游擊隊的配合下偽裝潛入虎頭要塞，突襲炸毀了日軍在要塞內針對蘇聯設置的410毫米巨型大炮，為蘇聯紅軍進攻滿洲開闢了道路。

1945年8月日本投降，12月下旬，周保中從長春向各地的原抗日聯軍幹部發出通知：在中共中央東北局的領導下，東北各省、市、縣的黨組織都已建立起來。因此原東北抗日聯軍所建立起來的黨的工作系統已沒有保留的必要。所有原抗日聯軍的幹部必須在各省、市、縣黨委組織的領導下進行工作。從此東北抗日聯軍教導旅結束。

歷史影響：

1945年8月15日日本投降，教導旅中的700多名抗聯人員中全部近300名朝鮮人交由金日成率領回到北韓。由此，教導旅停止待命達半個多月，直到8月底，周保中和李兆麟才召開了原抗聯人員的幹部會，宣布了上述決定，並公布了在東北地區各大、中城市以及若干重要縣城工作人員派遣名單，共57個工作組。其中，周保中、李兆麟、馮仲雲各率20至30餘人分別進駐長春、哈爾濱和瀋陽，並同時領導著附近的十餘個縣市的工作組。每個城市的組長都被任命為該地區的蘇軍衛戍司令部副司令員，借用這個名義在社會上公開身份，以引來當地的共產黨秘密組織和原抗日聯軍失散人員，收攏這些人以開展黨的工作並組建武裝隊伍，利用群眾性的社會團體進行活動。

另外，東北抗日聯軍有不少朝鮮族人。二戰結束後，在蘇聯幫助下，其中部分人員組建了朝鮮勞動黨。朝鮮民主主義人民共和國的第一代領導人中如金日成、崔庸健等為東北抗日聯軍中層軍官。