※第一次基隆戰役

1884年8月5日，由於雙方談判破裂，法國東京灣艦隊司令李士卑斯（Lespes）率領三艘戰艦強攻雞籠（今基隆市），正式揭開攻台戰事序幕。上午8時整，法軍先對基隆港東的砲台開火，社寮島（今和平島）營官姜鴻勝督砲還擊，五發砲彈中有三發擊中法旗艦，但三艘法艦火力猛烈，摧毀守軍砲架，並引發一處彈藥庫爆炸，火勢延燒到緊鄰的村莊。10時許法軍派遣陸戰隊約200名由二沙灣登陸，午後再派水雷分隊徹底破壞佔領區內的砲台設施。姜鴻勝所部則接獲密令撤退，官兵傷亡60餘人。

隔日法軍派遣陸戰隊攻入雞籠市街時卻中清軍福甯鎮總兵曹志忠的埋伏，敗退回艦。李士卑斯只好率領艦隊回到馬祖。劉銘傳在戰報中誇稱「斬首一級，探報法兵傷亡者百餘人，我軍傷亡才數人」「斃其巨酋一」而據Garnot和 Loir的著述是死兩人傷十人，與海軍檔案相符。

8月26日，清朝正式對法宣戰。8月29日，法國東京灣艦隊與中國海艦隊合併為遠東艦隊，由孤拔（Amédée Courbet）擔任司令，率領5艘戰艦再度進攻雞籠。

8月30日至31日，法軍展開猛烈砲轟，劉銘傳則徵募民團北上馳援，並封鎖淡水河河口，打算阻止法軍船艦駛入河岸。不久，臺灣兵備道劉璈命令林朝棟等率領苗栗縣鄉勇民團北上協助防守雞籠，阻止法軍登陸。

9月18日，劉璈發布《全臺漁團章程》，下令將所有漁團收編為水上團練，用以調查法艦情勢並阻止漢人私通法軍的情形。

※攻佔基隆

法國遠東艦隊主力於基隆港。

9月27日，因賠償問題談判破裂，法國海軍部下令福建馬祖外海的遠東艦隊主力攻佔基隆。9月30日，孤拔帶領5艘軍艦抵達基隆外海，與原已停泊的6艘法艦會合，然後派副司令李士卑斯率領3艘戰艦攻打滬尾（今新北市淡水區），自己則與8艘戰艦攻打基隆。

10月1日黎明，法軍司令孤拔命令各艦開始砲轟基隆岸上，隨後派遣千餘人自港口西側仙洞山東南海濱登陸，仰攻仙洞砲台。清軍血戰失利，當日退出山口，仙洞山遂為法軍佔領。

2月清晨，前一日已停泊在滬尾港外的3艘法艦與當地守軍互相砲擊，法巡洋艦德斯丹號受創，守軍新、舊砲台亦被擊毀，遂向基隆告急。劉銘傳考量滬尾往台北城路途平坦難守，不若基隆往台北則是多山易守，權衡之下，乃抽調大部分基隆兵力馳援滬尾，僅留下300餘人退守基隆南方的獅球嶺砲台。

3日，法軍在無抵抗下向前推進，佔領基隆西部。4日佔領基隆南方各堡壘及市區，8日佔領獅球嶺各堡壘，基隆遂全為法軍所佔領。

10月3日清軍自基隆撤退時，劉銘傳因擔心法軍自滬尾攻入臺北城，原本打算直接逃往竹塹城(今新竹)。據英國商人約翰·陶德記載大稻埕傳來消息：劉銘傳率領一千多名士兵，攜帶大量財寶離開臺北，行經艋舺（今臺北市萬華區）時，民眾認為劉銘傳想「落跑」而將劉包圍，甚至被從轎子中拉出來毆鬥，並大罵劉銘傳為漢奸、為懦夫，然後監禁在艋舺龍山寺內，直到劉決定坐鎮台北督戰後才被放出來。

劉發現滬尾形勢並沒有明顯惡化，即以章高元部四個營增援滬尾，曹志忠部仍折回基隆，在水返腳（今汐止）一帶扼守。

攻下基隆後，法軍戰艦於10月4日全面砲轟滬尾，共發射了一兩千枚砲彈，但僅造成清軍10多人傷亡。

※淡水戰役

滬尾登陸戰

1884年（清光緒10年）10月8日，法軍再度砲轟滬尾，並在原淡水港口英國籍引水人卡洛力(Carozzi、本名:卞特利(Bently))的協助下、引爆清軍所布下之淡水河口防衛水雷。之後突破清軍的海上封鎖線，成功靠岸。法軍由利士比總指揮，由「雷諾堡號」(Châteaurenault)艦長波林奴中校任前敵指揮官率領六百人(5個陸戰隊連)在今沙崙海水浴場發動登陸戰。清軍指揮官欽差劉銘傳派章高元部支援，鎮守當地的福建陸路提督孫開華與章高元、劉朝祐等人率領3000名軍勇埋伏各處，襲擊法軍部隊。戰鬥過程中清軍人數較多，指揮有序，戰技不輸法軍。因此戰鬥至下午一點時法軍已被困在凹地樹林中，死傷慘重，被迫撤退回艦。清軍成功守住滬尾。

10月10日，法軍降半旗為陣亡將士致哀。清軍則開始増援滬尾，當地駐守兵力達到6000人。

※第二次基隆戰役

封鎖臺灣

法軍自淡水之役戰敗後，自認已無力攻佔臺灣北部，改而封鎖台灣海岸線。10月23日，遠東艦隊封鎖台灣行動開始，將封鎖線由臺灣南端南岬（今屏東縣鵝鸞鼻）延伸至東北部的烏石鼻（今宜蘭縣頭城鎮烏石港），並請求法國政府派遣陸戰部隊前來增援，至11月4日已得到1800名兵力；面對法軍封鎖，清軍増援部隊改由卑南（今台東縣台東市）沿岸登陸，同時在暖暖一帶增加義勇民團人數，準備迎戰法軍。11月1日，曹至忠帶領1200名士兵襲擊獅球嶺，試圖收復該戰略要地，但被法軍發現後，從山頂砲擊，並以機關槍掃射，清軍傷亡四十多人後被迫撤退。

11月7日，法軍探查暖暖時遭遇清軍，暖暖之役爆發，但在團練首領周玉謙等人堅守下，以及林朝棟、曹志忠支援下，法軍連攻三日卻遭擊退。11月11日，孤拔再度請求3000援軍，打算由雞籠進攻台北，但未得到回應。而法軍則於11月13日起派出搜索隊探測敵情，準備攻打月眉山一帶的清軍防線。清軍亦派出李秉鈞探視法軍敵情。

※月眉山攻防戰

12月29日，銘軍600人自卑南登陸，清軍開始打算包圍雞籠；1885年（清光緒11年）1月6日法軍「非洲軍團」971人抵達雞籠，開始朝暖暖推進，雙方決戰氣氛濃厚。1月7日，法軍將封鎖線由南岬延長至卑南，隨後於1月10日因擦槍走火，雙方爆發鳥嘴峰之役，由於清軍迅速增援，法軍被迫於隔日撤退。時孤拔與李士卑斯皆認為不應在臺灣發動陸戰，但法國政府為增加談判籌碼，仍要求孤拔至少打贏一場勝仗，並佔領雞籠礦山。1月20日，法國外籍兵團約1000人抵達雞籠，使陸戰總兵力達到近3000人左右，足以發動陸戰。

※第一次月眉山戰役

1月25日，法軍李偉林(Bertaux-Levillain)中校指揮四個中隊共1900名法軍四路進攻清軍防線，其中一路400人襲擊深澳坑（今基隆市信義區）後方，另外三路主力進攻清軍守備較弱的月眉山，於是第一次月眉山戰役正式爆發。開戰之初，駐守月眉山的民團潰敗，法軍攻佔山頂，但隔日張仁貴等人率軍反攻，而在深澳坑擊敗另一路法軍的曹志忠、林朝棟也趕來支援，雙方展開激烈的攻防戰。1月28日在曹志忠指揮下，清軍逐漸逼退法軍，奪回山頭，最後兩軍分別在山頂與山腳下建立碉堡。1月30日，曹志忠與林朝棟發動夜襲，雙方激戰至隔日清晨才撤軍，戰役方告結束。另一方面，清軍將領聶士成率領850名淮軍於1月28日登陸卑南，北上增援。法軍則試圖攻佔林朝棟鎮守的大武崙砲臺，但未成功，轉而擬定佔領澎湖的作戰計畫。

※第二次月眉山戰役

3月4日凌晨3點，法軍派出1280人襲擊清軍防線，第二次月眉山戰役爆發。此戰法軍先攻陷深澳坑的防禦土牆，截斷劉朝祐防守的戲臺山，隨後擊潰蘇得勝派來的500援軍，並包圍月眉山的曹志忠本部部隊，佔領月眉山頂。3月5日，曹志忠發動突襲，將法軍略為擊退，隔日攻打月眉山頂的法軍，但卻失敗，而鎮守鳥嘴峰的民團則於當日潰敗，法軍改由枕頭山、竹嵩山和龍潭堵3路圍攻曹志宗本部，另外派軍由鳥嘴峰深入深澳坑後方，依序擊潰蘇得勝、提督劉朝祐與曹志忠等部隊。3月7日，清軍僅剩鎮守大水窟（今基隆市信義區）的林朝棟、四腳亭（今新北市瑞芳區）的蘇樹森未敗退，但因主力潰敗，兩軍只好放棄陣地，掩護清軍主力撤退至基隆河南岸的暖暖、五堵，劉銘傳則親率400人馳援六堵，而法軍因彈藥用盡，加上當晚大雨不停，溪水暴漲，故僅僅追至基隆河北岸。

※澎湖戰役

攻佔澎湖

3月14日，法國政府停止增援雞籠戰事，並命孤拔攻佔澎湖。3月29日，孤拔率領遠東艦隊8艘戰艦進攻媽宮城（今澎湖縣馬公市），清軍將領梁景夫死守四角仔要塞，與以砲轟還擊，但法軍火力強大，至3月31日時幾乎夷平整座要塞，鎮守清軍死傷慘重、完全瓦解，法軍得以順利佔領澎湖。倖存的中國士兵靠漁船有一些跑到廈門，還有一些被土著捉去交給法軍。法國人死5人傷12人，傷者中地位最高的是來自Triomphante號的海軍上尉波羅。中國人陣亡三百傷四百，包括數名高級軍官3月30日，隨著諒山棄守（法國人不知道鎮南關，而知道諒山，並稱之為「東京事件」-TONKIN AFFAIR）的消息傳到法國本土，總理茹費理（Jules Ferry）下臺，法國內閣以306對149的票數否決了「軍費議案有優先權」提案。而茹剛一辭職法國就同意「應先前要求」給越南法軍墊付五千萬法郎「人們認為是法國戰爭計劃的象徵」。4月3日，孤拔將基隆法軍撤至澎湖，準備調往越南增援。

4月14日雙方開始談和，令孤拔解除對台封鎖。4月15日，法軍正式解除封鎖。但於和約訂下為止都仍占領澎湖。隨後法國政府與清朝展開談判，清軍與法軍未再爆發戰事，但五月與六月之間澎湖流行瘟疫，法軍病死若干，甚至司令孤拔也罹患赤痢，並快速惡化成貧血。

6月9日，在英國的調停下，李鴻章和法國公使巴德諾（Patenotre）在天津簽訂了《中法天津條約》。6月11日，孤拔於澎湖馬公因病去世。

6月13日，遠東艦隊接獲和談通知，6月16日由李士卑斯代理艦隊司令一職，前往基隆交換俘虜，並於6月21日撤離基隆，8月4日完全撤離澎湖，俗稱西仔反的清法戰爭台灣戰事才完全落幕。

歷史影響：

這場戰爭法軍因赤痢、瘧疾與霍亂而死傷慘重，被迫不斷請求增援部隊，而臺灣也因法軍封鎖，造成主要外銷商品茶葉與樟腦無法出港，加上官員不斷徵求民團助戰，開銷頗大，導致財政困難，經濟衰退，直到臺灣建省後得到福建財政支持才得紓解。

在西仔反戰役中，法國政府試圖以臺灣作為威脅清朝的籌碼，而清朝則全力支援臺灣戰事，希望拖住遠東艦隊，以防其北上攻打燕京，結果西仔反戰事的確拖住了法軍艦隊的攻勢，使得孤拔雖佔領基隆，得到足夠燃料，但北上作戰的計畫落空，最後病逝馬公，這對中法戰爭的戰略局勢影響甚深。

清朝於此戰發現臺灣的海防戰略價值，在戰後宣布臺灣建省，命劉銘傳以福建巡撫的身分兼任首任臺灣巡撫，推動臺灣新政，強化臺灣自身的防衛能力。並於澎湖群島興建新砲臺及強化舊砲臺防禦能力。

因戰事集中在臺灣北部，該地的戰略價值被突顯強化，因此新政時省城雖在大墩城（今臺中市），劉銘傳卻多移往臺北城，新政也集中在臺灣北部，這令臺灣的政經中心由臺南移往臺北，並持續至今。

法軍攻淡水時，淡水人迎出清水祖師神轎助戰，竟然擊退法軍；因此光緒帝賜「功資拯濟」御筆匾額，現掛於艋舺祖師廟正殿。因祖師顯靈，造成艋舺、淡水雙方信徒爭相奉祀，從此祖師神像由艋舺、淡水輪流奉祀，而淡水祖師廟正殿亦掛有「功資拯濟」匾額之複製品。