中國在日本真正獲得的領事裁判權，是在1871年《清日修好條規》簽訂以後。

1870年，日本外務大臣柳原前光鑑於中日兩國之間因沒有條約，給兩國人民商業往來造成很大不便，於是前往北京，向清政府提出締結“修好條約”。然而清政府因為深受不平等條約之苦，對訂約理由比較敏感，以“只要雙方互存信賴，則無締約之必要”為理由予以拒絕。

而時任兩江總督的曾國藩和直隸總督的李鴻章則力主修約，在曾、李二人的積極推動下，1871年9月，中日雙方在天津簽訂了以中方提出的文本為基礎的《清日修好條規》。條規共十八條，如規定“兩國指定各口，彼此均可設理事官(即領事)，約束己國商民，凡交涉財產詞訟案件，皆歸審理，各按己國律例核辦”。就這樣，兩個飽受西方列強領事裁判權侮辱的亞洲國家，互相承認了在對方國的領事裁判權。

以1872年到1886年，中日兩國相繼在對方境內設立領事館。清王朝在日本的領事館建立以後，各地有華僑戶籍的日本官府都​​陸續將華僑戶籍移交給中國領事，華僑登記戶籍時所收取的牌籍費，也由各華僑公所或會館收取後上繳一半給領事館充當辦公費用，而不再交給地方官府。 “戶籍的移交，即意味著對華僑的管理權也一併移交，也就是說對華僑的司法裁判權，也一併移交到中國領事的手中”。在日中國人觸犯律令或發生糾紛不再受日本法律的製裁，而由駐日領事根據清朝法律定罪。

但清朝領事的裁判權，不只限於大清國民，也可以及於日本人。

1879年，兩名日本人因與華人發生訴訟，被清國駐神戶兼大阪領事劉壽鏗拘押，日本兵庫縣知事特為此事照會劉壽鏗，要求釋放。至於中國領事因審案傳訊日本人，更是常有的事。華僑與日本人之間有關債務、租賃房屋等方面的糾紛，往往也由清國領事進行判決。由於擁有司法審判權，中國領事館在人員配備及建築上不得不體現出多種職能。在神戶兼大阪領事館三名師爺中，就有一名刑名師爺，十一名人員編制中，有兩名是巡捕。中國領事館甚至還有自己的“巡捕房”。如神戶兼大阪領事館曾擁有了三間總共達72平方米的拘留所。

根據《清日修好條規》，日本沒有直接對犯罪的中國人判決的權力，在逮捕和搜查方面的權力也大受限制。

1878年，日本外務大臣井上指示神奈川縣(橫濱所在縣)：“除非目睹中國人吸食鴉片，否則不許進入中國人的住宅。逮捕中國人也只限於發現其可能逃逸時，在一般情況下必須通知清國領事，由領事逮捕。”

1880年4月，日本方面逮捕了利用三菱郵船玄海號走私鴉片的中國人王氏、鄭氏，隨後即將引渡給中國領事。

1881年4月，居住在橫濱居留地的中國人徐發，也因走私鴉片被日本引渡給中國領事。

1888年，居住在橫濱居留地的中國人高炳、伍澤等與日本人私設賭場，聚眾賭博，神奈川縣政府逮捕了參與其案的日本人，而中國人高炳等則領事裁判權妨礙日本警察執行公務。中國領事羅嘉傑隨後將高炳等逮捕，將其遣送回國，並令其永遠不能來日。

儘管按照條約規定，大清與日本相互之間的領事裁判權是對等的，但在實際操作中，清王朝佔據了上風。因為清王朝儘管在與列強的戰鬥中連遭失敗，但在中日甲午戰爭之前，在世人眼中，尤其是在日本人眼中，清朝還是一個一等國。

1878年中國第一任駐日公使何如璋到達日本之後，很多日本上層分子都以與之交往為榮。另外，中國領事依然抱著傳統的觀念，將日本看成是蕞(音最)爾小國，把自己當成天朝上國，經常在對日交往中顯得很強硬，以而在不知不覺中擴大了自己的領事裁判權。例如1880年10月，為整頓秩序，打擊嫖娼，日本政府宣布不論國籍，只要有“賣春”嫌疑，即可由日本巡查入室搜捕。日本向各國駐橫濱領事徵求意見，各國均表示贊同，唯獨清國領事范錫朋拒不接受，提出對中國人的巡查只能由中國人進行，日本政府無權干涉。對此，日方也無可奈何，此事只能作罷。

中日甲午戰爭後1895年的《馬關條約》規定：中日兩國間所有的約章已因甲午戰爭而廢除，雙方應派代表協商通商行船條約，新定約章應以中國與歐美各國現行約章為本。也就是說，1871年賦予中國僑民在日領事裁判權的《清日修好條規》也被廢除。

日本想得到的，是歐美各國在中國的地位，也就是單方面而不是對等的領事裁判權。

1896年7月，中日《通商行船條約》簽訂，其中第三款有關清國領事權力的內容規定：“除管轄在日本之中國人民及財產歸日本衙署外，各領事等官應得權力及優例，悉照通例。”第二十款有關日本領事權力的內容規定：“日本在中國之人民及其所有財產物件，當歸日本妥派官吏管轄。凡日本人控告日本人或被外國人控告，均歸日本妥派官吏訊斷，與中國無涉。”第二十二款規定：“凡日本臣民被控在中國犯法，歸日本官員審理。”可見，在這個協議中，中國領事在日本的裁判權被完全剝奪，而日本領事在中國的裁判權反而擴大，具體的體現就日本領事的權力開始及於在中國的外國人。由此，清王朝在日本的領事裁判權壽終正寢。

歷史影響：

《中日修好條規》簽訂後，日本獲得了與中國“比肩同等”的地位，為打開朝鮮大門創造了極為有利的條件。同時，借換約之機，日本探知中國與朝鮮的宗藩關係的實際內容：“中國對於朝鮮，雖與冊封與正朔，然其內治與和戰，皆朝鮮自主，與中國無關。”朝鮮“只要循守冊封、貢獻例行之禮節，此外更與國政無關”。日本政府乘隙而入，1876年2月，迫使朝鮮簽訂《江華島條約》（日本語：日朝修好條規假名：にっちょうしゅうこうじょうき朝鮮語：조일수호조약）率先打開朝鮮的大門，否定了朝鮮對清朝的宗藩關係。

日本剛開始明治維新，對外要"開疆拓土"，海上向南擴張的目標就是琉球和台灣。 《中日修好條規》只是日本侵略中國的一個幌子。