在1895年乙未之役的過程中，被派遣至台澎地區援助其進行戰時衛生勤務的日本赤十字社與野戰衛生長官石黑忠悳就此回戰役中，有關日本赤十字社救護員的使用規定進行協調，規定「赤十字社就醫員、藥劑員、看護員、及醫療相關物品等進行準備，並依野戰衛生長官的指揮提供使用之；就進行活動的地域上，包含兵站所管內的病院、患者集合所及內地（日本） 的預備病院中。」由此可知日本赤十字社的救護員，並非在戰鬥的第一時間就直接深入戰地前線進行人員的救護活動，而是由輸送人將前線戰地上需要救治的士兵，或是在戰鬥結束後進行戰場清理時，後送至兵站所中，才由隨行的軍醫或赤十字醫員等進行治療，傷重而兵站所無法完全醫治者，在進行初步包紮等處理後，再利用各種交通工具，如汽車、鐵路、船隻等轉送至日本，且亦配置赤十字社救護員隨行照料。

當時派遣於台澎的軍隊，在編制上皆配有衛生隊或是野戰病院，且兵站所中亦配有相關醫療人員，協助相關的救護活動。例如在佔領澎湖之作戰兵力編制上，配備後備軍伕一百名、二等軍醫正一名及醫療船兼補給船神戶丸等；派遣來台灣的近衛師團第一批運送部隊，其編組中亦包含衛生隊、第一野戰醫院、及兵站部（當中部份為衛生預備員、衛生預備廠、患者輸送部等），之後第二批的運送部隊中，又加入第二野場病院等，都是作為傷病士兵的治療及後送負傷者等任務。

不過，由於當時台灣的陸上交通狀況相當的不便，再加上淡水、基隆等各港口皆配有相當火力的砲臺，因此日軍並不能輕易地安排這些救護機構。再者，疾病的侵襲亦常使軍隊士兵，甚至醫療人員自身都陷於死亡的邊緣，關於日軍征討台灣的部份，經由《台灣征討圖繪》中多筆有關疾病侵襲日軍及衛生隊的記錄，可瞭解衛生隊在運送傷病兵的過程及其所遭遇的困難：

經歷這場艱苦戰鬥之後（9月2日至9月17日，追擊由彰化城敗走至嘉義的戰鬥），各隊暫時駐紮在北斗街。衛生隊再度脫離摺澤佐的指揮，改隸第一聯隊，仍然留在北斗。軍中的瘧疾日益嚴重，各部隊的將校兵卒如同象棋中的「馬」般一一倒下，街道隨處可聽到呻吟的聲音，甚至連衛生隊隊長、醫療長、書記、馬卒等整個隊本部全病倒，無一倖免。衛生部的擔架中隊，從曹長以下十幾個人也病倒。

除疾病所帶來的人員損傷外，由於當時清國尚未加入赤十字條約，再加上當時台地的抗日軍對此亦不甚瞭解的情況下，其對不作戰之衛生人員之攻擊，亦造成醫療相關人員產生折損。

造成軍隊人員致病的因素，包含對於氣候的不能適應，及無法獲得乾淨的飲用水等，造成人員大量的損失，除了兵將外，亦影響了醫療相關人員的不足。為此，於1895年7月13日，日本赤十字社社長佐野常民曾致公文給當時民政局軍醫部，告知其奉陸軍省的命令，將派遣「救護員理事心得」（救護員理事代理）吉川元雄，「醫長心得」（醫長代理）三富文止外醫員、看護人等合計55名來台灣從事本社的救護事業，一切由陸軍省管理，並說明其精神是純為人類共愛之大主義為前提，進行無分敵我雙方負傷軍人的收容及救護的事業，亦對總督府管下的人民一視同仁，冀望能得總督府的瞭解，讓其能有機會實行這項任務。

之後，來台的這支救護班就在基隆、台北等地，於兵站所內或其醫院中進行救護活動，並開始招募社員入社，這也是台灣首次接觸到日本赤十字社及其活動的開始，亦即強調不分敵我雙方，進行人道救援之國際性質的組織，開始於台灣這塊土地上進行活動。

在日軍接收基隆後，即以此地作為軍事補給的基地，從日本運輸進港的日軍必須在基隆整裝後，再前往台灣各地鎮壓反抗軍，因此軍隊的安置便運用清朝的官有建物，作為供應軍事方的需求；其中除了作為兵站宿舍外，亦作為應付多數不適應基隆氣候的士兵所設立簡單之軍事醫院或臨時赤十字病院。

當日軍進入台北城之後，亦因為疾病的傳染，造成大量人員的罹病，首先借用台北文廟（今北一女附近），設立「台北兵站病院」本部，不過，疾病仍無法有效地控制，後又在天后宮加設「第一分院」，對患病之官兵加以收容。

在此次的「乙未之役」中，日軍所公佈陣亡的人數為4806人，其中戰死者僅佔164人，其餘的4642人皆為因病而死亡的，除此之外更有21748人送回日本就醫，留在台灣醫院的亦有5246人。由此可看出疾病對日軍所造成的創傷，亦促使往後在統治台灣時，針對衛生醫療的部份推行了一連串的政策。

進入台北城之後不久，日軍的近衛師團開拔南下進行掃蕩抗日軍，對於在台地逐漸擴大的戰事上，當時的近衛師團長北白川宮能久親王，曾經談論過對於征討這些抗日軍的不二法門，是以公認的戰爭法則斷然加以處置，就是徹底加以殲滅，以確保日軍兵站線的安全。因此，在7月份針對大姑陷河（大漢溪）兩岸的抗日軍，除綿密搜索各聚落外，施行全殲滅抗日軍的敗兵。除此之外，日軍在處理俘虜的部份，則是相當不人道的，據日人估數，抗日軍死亡的人數大約7萬8千餘名，和日軍戰死的人數簡直有天壤之別，就可以知道日軍在此回戰役中的虐殺行為，而日本赤十字社的救護活動，僅在非戰線的後方兵站或野戰病院之中，可以想見其力無法到達之處。

同年，日本人開始殖民台灣，隔年（1895）便在大稻埕成立台灣赤十字病院（台大醫院的前身），並於1897年成立台北醫學專門學校（台大醫學院的前身）。

歷史影響：

1905年，「日本赤十字社台灣支部病院」正式成立，圈內人簡稱「日赤醫院」，後來擴建搬遷至今日常德街的台大醫院舊館，該建築便轉為日本赤十字社台北支部的辦公室。這個病院的創設，是在台灣醫療資源嚴重匱乏之際，為了台灣人醫學生的教學實習需要。「赤十字病院」的原始名稱一直沿用到1943年才改為「台北赤十字醫院」，1945年更名為「國立台灣大學醫學院第二附屬醫院」，原始建築於1994年拆除。

（資料來源，參考：維基百科、江俊銓撰‘日本赤十字社台灣支部初期之研究’、台灣記憶）