鮑貴卿早年因貧困失學，19歲時投淮軍葉志超部，由士兵逐步升為哨官，並派至開平武備學堂學習；曾參與甲午戰爭，兵敗後被解職回鄉。1895年，鮑貴卿改投袁世凱新建陸軍，任武衛右軍右翼工程營隊官、步兵營管帶；1904年時升任北洋第一鎮第二協第四標標統，1911年時再升為第四協協統。辛亥革命期間，鮑貴卿響應段祺瑞發起的要求共和電，迫使清帝退位。
民國成立後，鮑貴卿留任旅長、陸軍少將，後隨北軍南下鎮壓二次革命，後調為蕪湖鎮守使、第三混成旅旅長。1915年，在安徽督軍倪嗣冲的排擠下，鮑貴卿被調回北京，任陸軍講武堂堂長，並晉升中將。袁世凱逝世後，鮑貴卿透過與張作霖的親家關係加入奉系，於1917年出任黑龍江督軍兼省長，後代理第十九混成旅旅長、濱黑鐵路督辦等。
1918年，張作霖出任東三省巡閱使，聯合鮑貴卿壓制了親皖系的吉林督軍孟恩遠，鮑貴卿於次年調任吉林督軍，兼督辦東省鐵路、東省護路軍總司令、吉林省長等，於1920年接收了原屬俄國的中東鐵路。1921年，鮑貴卿因身體因素及對日借款的醜聞案而辭職，改授霆威將軍；同年又在張作霖支持下出任陸軍總長。1922年第一次直奉戰爭爆發，奉軍兵敗後，鮑貴卿回到東北，1924年時回任督辦東省鐵路公司（中東路督辦），1928年時曾為張作霖派任審計院長。張作霖逝世後，鮑貴卿退休定居天津。1934年3月1日，鮑貴卿病逝於北平。