馬濟早年在百色讀私塾，其父為廣西綠營軍官，馬濟亦隨其入軍營任職，並獲廣西提督蘇元春提拔擔任守備，期間結識陸榮廷。1909年，馬濟進入廣西陸軍講武堂學習，但並未畢業，後返回陸榮廷部下擔任副官。辛亥革命後，馬濟仍留在陸榮廷麾下，1915年時出任游擊營營長，在護國戰爭時曾為護國軍居中牽線，並在陸榮廷支持下將其部改編為武衛軍，入廣東進攻龍濟光。
戰後，馬濟部改稱廣東陸軍第一軍，在護法戰爭期間率部北上湖南參戰，並在吳佩孚與陸榮廷之間斡旋。1920年舊桂系兵敗，馬濟被派往上海，擔任陸榮廷與北京的聯絡人。1923年吳佩孚出兵湖南，以馬濟擔任兩湖警備總司令部參謀長，重建武衛軍並擔任與湖南方面的聯絡人，駐軍湘鄂邊境。1926年北伐軍攻入湖南，馬濟兵敗逃往上海，後受張宗昌聘為直魯聯軍第十五軍軍長，下轄武衛軍殘部與粵軍劉志陸部。1927年初，馬濟再次被擊敗並逃往安徽山區；同年4月17日，馬濟在安徽定遠縣被當地民兵擊斃。