發生過程：

一、第一次府院之爭

1917年3月4日段祺瑞偕同閣員到總統府，請黎在國務院向國會提出對德絕交案的咨文上蓋印，黎拖延不辦，段憤而提出辭職，離京赴天津。後在馮國璋調解下，段返京，並經國會通過了對德「絕交」。

1917年4月25日為了實行對德「宣戰」，段祺瑞聯絡各省督軍，在京召開督軍團會議，向國會施壓。5月10日，眾議院召開會議審議對德宣戰案，段祺瑞組織公民團在國會示威，5月11日外交總長伍廷芳、司法總長張耀曾、農商總長谷鍾秀、海軍總長程璧光四位閣員，抗議國會議員被辱，提出辭職。5月15日國務院再咨眾議院對德宣戰案。5月19日眾議院以多位內閣閣員辭職，而催議咨文乃用國務院名義於法律不合，議決緩議對德宣戰案，須先進行內閣改組。

同時，陳友仁的英文《京報》揭露段祺瑞私自向日本借款一事。督軍團聯名通電要求解散國會，改制憲法。5月21日黎元洪趁機下令撤銷了段的總理職務，段祺瑞憤然離京去津，並且指根據《中華民國臨時約法》，總統無權撤銷總理職務，不承認黎的免職令。

之後，在段祺瑞的策動下，安徽、奉天等八省先後宣布獨立。黎元洪請督軍團團長張勳入京調解。張勳對黎元洪提出解散國會的條件，黎被迫答應，並於6月12日發布命令解散國會。6月14日張勳入京，7月1日張勳擁立溥儀復辟。7月12日復辟為段祺瑞所鎮壓，事後黎元洪辭去總統職，改由馮國璋擔任，總理仍由段祺瑞擔任。第一次府院之爭告一段落。

二、第二次府院之爭

馮國璋任總統後，與國務總理段祺瑞，在西南軍閥及廣東護法軍政府的政策上，產生了矛盾。段祺瑞主張武力統一，藉此擴充皖系勢力；馮國璋主張和平統一，藉此討好西南軍閥，保護直系的利益。

1917年8月，段祺瑞調北洋第八、第二十兩師入湖南，拉開了南北戰爭（護法戰爭）的序幕。之後又派心腹傅良佐為湖南督軍，引發直系官兵不滿。11月，正當湖南戰事擴大時，屬於直系的第八師師長王汝賢、第二十師師長范國璋突然發出通電，主張停戰議和。緊接著直系長江三督（湖北督軍王占元、江西督軍陳光遠、江蘇督軍李純）和直隸督軍曹錕聯名發表通電，響應停戰。11月22日段提出辭職。馮於11月25日下令准免，先以外交總長汪大燮代理國務總理過渡，後又請出王士珍署理國務總理兼陸軍總長。

12月2日，段策動北方十督：曹錕、張懷芝、張作霖、倪嗣沖、閻錫山、陳樹藩、趙倜、楊善德、盧永祥、張敬堯等在天津舉行督軍團會議。12月6日，聯名電請馮國璋明令討伐西南。馮只得表示讓步。又任命段為參戰督辦，段芝貴為陸軍總長，以消解皖系的不滿。此時，西南軍閥陸榮廷提出恢復舊國會，停止湘粵進兵和擁護馮國璋繼任總統，作為取消兩廣獨立的條件。馮發出停戰布告，責成南北兩軍停止敵對行動。12月31日，北方十督曹錕等發表通電，堅決反對恢復舊國會，主張以皖系控制的臨時參議院代行國會職權，選舉正式大總統，企圖合法倒馮。馮聲稱要親自出征討伐西南，率拱衛軍一旅，乘專車沿津浦路南下，想回到直系大本營南京。不料車到蚌埠，被皖系安徽督軍倪嗣沖攔截，迫使馮回京。同時，奉軍入關兵諫。皖奉聯合，馮不得已，1918年3月23日再次請段出任國務總理。

1918年8月12日，新國會（安福國會）開張。段祺瑞聲明要辭職，迫使馮國璋也聲明不參加總統競選。9月4日，安福國會選舉徐世昌為新任大總統，徐提名錢能訓組閣。馮國璋、段祺瑞同時下野，府院之爭落幕。

歷史影響：

一、引發護法戰爭

第一次府院之爭後，段祺瑞重掌國務院，卻拒絕恢復被張勳解散的國會，因此引發孫中山號召國會議員南下，在廣州另組政府，進行護法運動，中國陷入南北對立的動亂。

二、 引發直皖戰爭

第二次府院之爭後，馮國璋、段祺瑞雖同時下野，但直皖之間的糾紛已經無法消彌，1920年終於爆發直皖戰爭。