發生過程：

1937年4月，徐恩曾負責的「黨務調查處」與戴笠負責的「力行社」合併為「國民政府軍事委員會調查統計局」，由陳立夫任局長；原調查處為一處負責黨務，仍由徐恩曾任處長；原力行社為二處負責特務，仍屬戴笠管理。初創階段的國民黨特務機關，組織機構變動相當頻繁。

1937年七七事變全國抗戰，1938年春，蔣中正為了防止日諜漢奸活動，提高工作效率，增強抗戰力量，在3月29日召開的國民黨臨時全國代表大會上決定把原有的國民政府軍事委員會調查統計局改組，擴大成為3個公開的特務組織：

1.以第一處為基礎，建立隸屬中央黨部秘書處的國民黨中央執行委員會調查統計局，簡稱中統或中統局，局長由國民黨中央秘書長朱家驊兼任，徐恩曾任副局長，由徐負責日常實際工作。

2.第二處擴大為隸屬軍事委員會辦公廳的軍事委員會調查統計局，簡稱軍統，首任局長由陳立夫兼任，戴笠任副局長。

3.隸屬軍事委員會辦公廳的特檢處，主管郵電檢查。

軍統局的組織形式是局-區-站-組-隊，有的地方設有相當區、站的辦事處。組是軍統局特工組織的基本單位。由於任務不同，組又分普通組、潛伏組、行動組、策反組、隨軍組、防諜組等。每組通常由十人左右組成。

軍統局內勤組織共有八處、六室、一所，軍統的特工人員分布到國民黨的軍隊、警察、行政機關以及交通運輸等各個部門。

此外，軍統局還設有電訊組織、武裝組織、訓練機構以及在軍、政、警、憲等機關中的控制運用組織和特種組織。如中共一大代表張國燾主持的特種政治問題研究所。

除負責刺探情報，進行反諜工作外，軍統局亦以刺殺等手段執行情報任務。抗戰期間軍統局曾多次刺殺投日的軍政人員，如暗殺張嘯林、唐經，暗殺未成的有殷汝耕、季雲卿、汪精衛、周佛海。而隸屬軍統的各個「游擊司令部」和「交通警察大隊」則深入日本占領區開展廣泛的游擊戰，對打擊日軍和漢奸，起了不小的作用。

軍統搜集情報的方法很多，但主要途徑有兩條，一是進行電訊偵測、破譯，從中獲得情報。1937年8月，中國空軍取得了開戰之初的「814空戰大捷」，就是由於特務處事先提供了準確的情報。二是派員打入日偽內部搜集情報。

1944年12月，美國海軍根據軍統打入日軍內部的女特工的情報，出動飛機一舉炸沉了隱蔽在琉球、澎湖列島附近的日艦隊「大小船隻83艘，擊毀飛機210架。由於情報準確，美國羅斯福總統曾專函致謝。

軍統局還於中日戰爭期間與美國情報體系建立合作關係，於1943年成立了中美特種技術合作所。

中美合作所成立後，其提供的情報成為美海軍對日作戰之主要情報來源。從1944年至抗戰勝利，中美所供給美軍的重要情報達四千一百四十九件之多。其中供給美國潛艇司令部之150餘件情報，即曾使他們順利擊沉敵人大型軍艦25艘，共約20萬噸。所擊沉小型軍艦及貨運船隻，又數倍於此。

歷史影響：

軍統的存在，是國民政府在掌握對內、外情報工作的一大利器，但其採取的手段及正當性卻常為人詬病。

1946年戴笠乘坐飛機失事死後，軍統局進行改組，其公開特務武裝部分與軍委會軍令部二廳合併為國防部第二廳，由鄭介民任廳長；軍統局的正式名稱亦改為國防部保密局，毛人鳳為局長。專責保密防諜工作，確保國家安全。

1949年，國府遷台。1950年6月，保密局恢復正式編組，於台北士林芝山岩設立局本部，持續執行情報蒐集，並參與台灣省工作委員會案及台北市工作委員會案等案件。

1955年，情報機構改制，保密局改組為國防部情報局，保防偵查等業務撥歸「司法行政部調查局」，即今法務部調查局接管。一般說來，該階段先後實際執行者為毛人鳳與蔣經國。

1984年發生江南案，當時之情報局長汪希苓亦被捕入獄，情報局再次大改組。1985年7月1日，情報局與國防部特種情報室併編成立國防部軍事情報局，隸屬國防部參謀本部，受參謀總長直接指揮。