發生過程：

1913年3月20日，國會即將召開，宋教仁搭火車赴北京，他和送行的人們於3月20日晚10時許抵達滬寧車站，在接待室中休息。10點40分吳仲華來告，請宋上車，吳仲華先行，依次是拓魯生、黃興、陳勁宣、宋教仁、廖仲愷等，魚貫而行。走至車站入口的剪票處，突然一聲槍響，宋一邊摸著腰一邊大喊：“我中槍了，有刺客。”只見一個穿黑呢軍裝的矮漢子，從人群中不顧一切地竄逃。

此時從接待處趕到的于右任等人一方面報警追凶，同時令司機開快車送至靶子路滬寧鐵路醫院。

黃興、于右任等把宋教仁送至鐵路醫院，12時30分送入手術室開刀，用鉗子從小腹取出子彈，發現子彈有毒，雖然流血不多，可是卻十分痛苦。午夜2時，院方再集外科醫生五人第二次開刀。

宋在病榻上曾托黃興代擬一電，向袁世凱報告遇刺經過，3月22日清晨，宋病勢惡化，延至早上4點鐘，已不能言語，終於不治。

歷史影響：

一、國民黨的分裂

宋教仁為當時國民黨核心領袖，聲勢如日中天，黨內即便有不同意見，也能維持統合。驟然辭世之後，分歧意見浮現，尤其關於對袁世凱的責任追究方式，更引起孫中山、黃興兩派的矛盾與分裂。力主革命的孫中山決定發起二次革命，失敗後另組中華革命黨繼續革命事業。而原欲透過法律行動追查真相的黃興一派，在袁世凱野心畢露、解散國民黨之後，只能選擇走避。

二、幕後指使成謎，爭議不斷

宋教仁遇刺一案，幕後元兇為誰仍有謎團未解，成為百年來的懸案。一般說法包括：

1. 袁世凱的嫌疑

最普遍、尤其國民黨方面皆將幕後主使直指袁世凱，原因是正值中華民國國會選舉前後，宋教仁積極主張的內閣制，會危及袁世凱的統治地位，因此袁世凱要暗殺宋教仁。但反對者認為宋教仁並非不願與袁世凱合作，袁世凱若要暗殺宋教仁也不會在如此敏感的時間下手。何況當時國民黨在選舉中已經獲勝，即便宋教仁死後，依然會有國民黨方面的代表擔任總理職務。此外，國民黨雖為國會最大黨，但席次並未過半，袁世凱對進步黨及其他小黨仍有掌握能力，未必要對國民黨魁採取此種極端手段。

2. 孫文的嫌疑

持此觀點的認為，宋教仁與孫中山在黨內的地位矛盾，人人皆知，而兇手應桂馨是共進會的頭目，與陳其美、孫中山皆有淵源。宋教仁改組國民黨，排斥江湖幫會，而孫中山是洪門紅棍，陳其美、應桂馨系青幫大佬，立場頓陷尷尬。

3. 趙秉鈞的嫌疑

秉鈞的殺人動機非常直接，中國國民黨國會選舉勝利後，宋教仁將替代趙秉鈞擔任總理一職。據稱巡捕房在搜查應桂馨時，意外抓到刺宋的直接兇手武士英。武士英供認是應桂馨讓他行刺。巡捕房也在應桂馨的住宅搜出作案兇器及一批電報和信件。趙秉鈞的秘書洪述祖致電應桂馨：「毀宋酬勛，相度機宜，妥籌辦理。」3月14日，應桂馨回洪述祖的「寒電」電文是：「梁山匪魁四齣擾亂，危險實甚，已發緊急命令，設法剿捕之，乞轉呈，候示。」3月18日，洪述祖復應桂馨電：「寒電立即照辦。」3月19日，洪述祖又電催應：「事速照行。」3月21日凌晨晨兩點即宋教仁遇刺不久，應致洪電：「二十時四十分鐘，所發急令已達到，請先呈報。」3月21日，應致洪電：「號電諒悉，匪魁已滅，我軍一無傷亡，堪慰，望轉呈。」等。

4. 陳其美的嫌疑

除了與袁世凱、趙秉鈞的明爭，另有看法認為宋教仁是國民黨內部暗鬥的犧牲品—對破案出了大力的青幫大頭目、國民黨元老陳其美頗有嫌疑。在北上臨行之前，陳其美、應桂馨等人詢問宋教仁關於國民黨內閣的組織辦法，宋教仁說：「我只有大公無黨一個辦法!」應夔丞罵宋教仁是叛黨，大家不歡而散。應夔丞深知兼任總理的內務部總長趙秉鈞害怕宋教仁搶奪他的位置，就通過他的秘書洪述祖騙取來自趙秉鈞的密電密信，成為嫁禍於袁世凱的文字證據。

5. 幫會分子的嫌疑

也有部分學者認為，民國成立後，幫會在社會轉型中的角色地位與革命黨形成落差，關係陷入緊張，因而產生報復心理；而應桂馨正是中華國民共進會（1912年7月由青幫、洪幫、公口等幫會聯合發起，成立於上海）的會長。由於宋教仁在國民黨內的實際地位和未來政治角色，因此不幸被選為報復對象。