1925年11月，直系浙江軍務善後督辦孫傳芳響應起兵，在南京宣布成立浙、閩、蘇、皖、贛五省聯軍，自任聯軍總司令兼江蘇總司令，驅逐蘇皖等地奉系勢力。

11月中，奉系將領郭松齡在日本觀操奉召歸來，便與馮訂七條攻守同盟密約。11月22日，郭松齡發出通電，突然叛奉自立，號稱「國民四軍」或「東北國民軍」，在馮玉祥支持下，在直隸灤州倒戈，迅速回師。郭松齡攻克山海關、取錦州、新民等，直逼瀋陽。日本人終於決定不讓郭松齡軍穿過南滿鐵路，並將日本「駐屯軍司令部」移入瀋陽。奉天穩固，張作霖就定率部反攻。12月24日，郭松齡兵敗巨流河，於新民縣被捕，次日被殺害。

1925年12月初，馮玉祥揮戈東向，向已宣布「脫離奉系」之直隸督辦李景林大舉進攻，搶奪直隸省，霸佔天津；也突然奪取闞朝璽熱河省。在北京，馮玉祥驅策段祺瑞。1926年春初，張作霖父子乃整編殘部，率師再度入關。守關原「叛將」魏益三不支，率其「國民四軍」逃往保定。張學良精銳乃佔領灤州，直指天津。

1926年，張作霖檄調敗退山東之李景林和張宗昌「直魯軍」攻其南；張作霖更遺專使與吳佩孚釋嫌修好，約他自武漢北攻馮軍於信陽，並誘引閻錫山出娘子關取保定，使馮之「國民軍」四面受敵。吳佩孚應張作霖釋嫌修好，共除馮玉祥。直奉再度聯合，共組「討赤聯軍」合圍馮玉祥國民軍。2月初旬，當奉軍艦艇在大沽口外出現時，馮軍乃在大沽口海設防，並幾俄製水雷封鎖大沽口，並一度與故意穿過封鎖線日艦砲戰。日本人首先對馮軍布雷，提出抗議。3月16日，英、美、法、意、荷、比、西、日八大帝國主義國家，聯合援引《辛丑和約》海口不得設防之條款，向北洋政府外交部，提出44小時限期「最後通牒」。段祺瑞乃勸馮部停止布雷。

3月18日，數千北京學生和市民乃集合於天安門前開「國民大會」，聲言反抗「八國通諜」。要求把八國公使趕出中國，並撕毀《辛丑和約》。奉軍在日軍掩護下占領天津，引發北京三一八慘案。張吳聯合討馮，馮自知不敵，乃分飭所部自直隸與河南向北京撤退。北京如再不保，便北撤南口，準備走向西北。3月20日，馮應鮑羅廷之約自平地泉趕去庫倫。未幾鮑羅廷亦偕大批中國國民黨要人顧孟餘、陳友仁、譚平山、邵力子、于右任等抵庫倫。在諸人勸說之下，馮也就同意加入中國國民黨。

4月9日，馮軍將領、北京警衛司令鹿鍾麟派兵包圍執政府、繳衛隊械，將段祺瑞趕入「東交民巷」。鹿鍾麟為自保乃釋放前總統曹錕，聲言願重隸麾下；並通過曹錕與吳佩孚釋嫌修好，希望圖謀共拒奉系張作霖父子，然而吳佩孚與奉系張作霖另有密約，拒不接納。鹿鍾麟自知難以獨力扺抗奉軍，便於4月15日全師撤出北京，退守南口。

馮軍既然撤退，那由張宗昌、張學良、李景林所率奉軍及直魯聯軍乃長驅而入，佔領北京，段祺瑞「臨時執政」也就此結束。一時中樞無主，由顏惠慶等暫時「攝行大總統職」，勉強維持政府。

5月至6月，張作霖、吳佩孚代表再磋商，決定暫時維持顏惠慶內閣；雙方則合力解決馮之「國民軍」。6月26日，張作霖親自蒞臨北京會晤吳佩孚。三日後，張作霖離開北京，吳佩孚主動北上親自指揮南口之戰討馮。其後張作霖往返於天津、奉天之間。

在奉直兩軍東南兩方夾擊之下，馮殘部向西北轉移以求自保。5月下旬，馮部國民軍石友三、韓復榘等部，侵入大同。閻錫山連電張作霖、吳佩孚告急。吳佩孚攻南口逾月無功，張作霖始令少帥張學良接手，以奉軍重砲轟斃國民軍萬餘人，於1926年8月14日攻克南口。馮軍西往綏遠。

1926年4月，陝豫地方軍閥劉鎮華加入直奉集團，開始圍困西安，長達8個月，致使數萬人餓死。後被馮玉祥反攻擊敗。但反奉戰爭最終仍以失敗告終。

歷史影響：

1926年，張作霖佔領北京後不久，立刻殺害記者邵飄萍。11月下旬，孫傳芳單車北上，在天津向張作霖請罪求援。同時向張作霖勸進，公推張作霖出任「安國軍總司令」。11月30日，張作霖在天津通電就職。12月27日，移節北京。4月6日，張作霖父子取得「公使團」支持，一舉包圍蘇聯駐華大使館。搜查之後，逮捕國共兩黨地下領袖60餘人。略經審判，李大釗等中國共產黨員20餘人判處「絞刑」，並公布搜得中俄文資料編纂成《蘇聯侵華陰謀文證彙編》，贏得蘇聯以外各帝國主義駐華公使一致喝采。6月18日，張作霖公布《軍政府組織令》，成立「中華民國軍政府」，並出任軍政府「海陸軍大元帥」。原攝政內閣總理顧維鈞呈請辭職，由潘復繼組「軍政府內閣」。

1926年4月中，馮玉祥與第三國際和中國國民黨洽談妥當，4月底他就接受蘇聯邀請，偕徐偕等一行到莫斯科。9月，馮玉祥自蘇聯返國後，整飭國民軍為「國民聯軍」，自任總司令。9月17日，馮五原誓師，宣言接受三民主義，效忠中國國民黨；旋即率部入陝西。

1926年7月1日，廣州國民政府頒布動員令，7月9日「誓師北伐」。1927年初，張作霖發重兵南下。東路由張宗昌指揮「直魯軍」循津浦線前進，3月間進佔南京，入駐上海。孫傳芳撤往江北。2月至3月，西路由張學良指揮奉軍主力，循京漢鐵路南下，進佔鄭州。吳佩孚兩面受敵，西入四川，依附楊森。

1927年夏天，奉軍戰敗撤出河南，馮軍重入河南。6月10日，馮與汪精衛、唐生智等開「鄭州會議」，接防鄭州。6月19日，馮旋即東去徐州與蔣中正、李宗仁等舉行「徐州會議」。隴海鐵路西段重入馮軍掌握。1928年初，蔣總司令復職，馮擁眾40萬，「國民聯軍」受命改稱「國民革命軍第二集團軍」，遵命北上討伐奉軍。