發生過程：

1922年6月3日，葉舉宣布廣州戒嚴。6月12日，孫文透過報紙向陳炯明攤牌，要求粵軍全數退出省城30里之外，否則將以武力對抗。6月15日深夜，粵軍高級將領召開會議，決定先發制人，逐孫下台，並事先來電通知孫中山趕快撤離總統府，兌現與徐世昌一齊下台的諾言。

15日晚10時，廣州衛戌司令，粵軍第三師師長魏邦平接到葉舉「讓孫中山撤離總統府」的命令，告知孫中山，孫及時離開。16日3時葉舉部包圍總統府，5時左右司令楊坤如數十人進入總統府企圖繳械，在守軍誘騙下遭到攻擊全滅。粵軍開始攻擊總統府，至10時攻陷。期間粵軍發炮三響威嚇總統府(國民黨方面則指稱陳炯明砲擊總統府)，並拘捕廖仲愷。

事件發生後，葉舉等粵軍將領電請當時在惠州的陳炯明返廣州維持局面。章炳麟也於19日發電文支持陳炯明貫徹其「聯省自治」的主張，並另電勸孫中山「去」非常大總統之「號」，離開廣州。

孫中山登上永豐艦後，於廣州水域憑藉海軍及部分地面部隊持續抵抗。6月18日，孫電促在奉化守制的蔣中正來廣東，6月29日蔣到黃埔，登上永豐艦。然而形勢持續惡化，永豐艦受到威脅，蔣介石自守舵樓，冒險通過車歪炮台，直駛至白鵝灘，脫離險境。孫原本寄望北伐軍回師擊潰陳炯明部扭轉局勢，然而北伐軍贛南失陷，腹背受敵，孫知戰局不利，遂經英國領事協調於8月9日由永豐艦轉搭英國砲艦摩漢號，離粵赴港，次日乘俄國皇后號郵船，由港轉滬，蔣中正亦隨行。

歷史影響：

陳炯明叛變，蔣中正在孫文處於危難之時趕到，使得孫對蔣產生了更大的信任和期望。蔣奉孫電召赴永豐艦參贊軍事行動達42日，可說是蔣中正在國民黨內政治地位攀升的轉捩點。

1922年8月15日，退往上海的孫中山發表討伐陳炯明的宣言，將北伐軍改為討賊軍，並與皖系合作，集中力量消滅陳炯明軍隊。直到1925年蔣中正率國民革命軍兩度東征，陳炯明的勢力被消滅，避居香港。

陳炯明叛變的背景和原因複雜，但其本身確實深懷理想，致力改革，希望建設廣東為模範，進而將聯省自治觀念推廣全國。對廣東的主要影響有：政治上，主導廣州市的正式建市，建立立法、行政、財政、審計等機構，推行基層自治，精兵簡政，與民休息。經濟上，興辦實業，興建公路，扶持民企等。教育上，建立私立學校，為全國之最；發展公辦教育，實行免費教育；請陳獨秀任省教育長。社會生活上，革除陋俗，主要禁絕煙賭。然而畢竟主政時間不長，許多措施來不及完全實行，效果未明，成敗難論。