發生過程：

1946年元旦，國民政府主席發布元旦公告，呼籲中共方面要維護國家統一，雙方舉行會議以政治方式解決爭端。1月6日，國民政府成立秘書處，公布召開政治協商會議辦法及全體會員名單。1月7日下午，政協預備會議（茶話會）在國府軍事委員會會議室舉行。1946年1月10日，政治協商會議正式開幕，蔣介石宣布政府的四項承諾：人民的自由、政黨的合法地位、地方自治普選、釋放政治犯。

1月11日，政協舉行第二次會議，張群代表政府提出了迅速停戰，儘快遣送日本戰俘，設立軍事調處執行部，設委員三人組成三人小組，負責停止衝突恢復交通的實施。周恩來代表中共提議：無條件停戰，儘快解決內戰問題，將談判內容公開，消弭內戰恢復交通，並基本同意推選參政會公正人士成立軍事考察團。12日上午舉行的第三次大會則由國共代表向大會彙報重慶會談的經過，並決定參加軍事考察團人選。

政協會議主要分為5大議題：

1. 政府組織：國共雙方達成擴大容納其他政黨的共識，但實際改組政府的方式卻有分歧，國民黨和青年黨傾向於維持訓政系統，即以國民黨為最高領導。共產黨和民盟則傾向建立新聯合政府，脫離國民黨領導。

2. 施政綱領：中共提出的施政綱領重點包括（一）廢除保甲制度，修改和廢止一切有關人民自由權利的法令，釋放政治犯。（二）結束訓政，取消黨治，停支黨費，各級政府官員國民黨籍不得逾三分之一。（三）修改憲法草案，以及國大組織法選舉法，重選國大代表，以冀利用選舉爭取席次。（四）地方自治，成立省以下各級自治政府，承認解放區之「民選」政府。（五）承認中共軍隊為國軍，成立聯合統帥部。（六）廢除黨化教育，主張教育自由，削弱國民黨三民主義教育。而國民政府直到政協閉幕日，蔣中正才對施政綱領提出兩點意見，其一是綱領中規定的人民自由權利國統區要做，解放區也要做。其二，軍隊國家化是國家和平完成統一的最大要素。

3. 軍事問題：基本上各黨派均有廢除黨軍、組建國軍的共識，國民黨更強調軍令政令必須統一，中共軍隊必須整編於國軍系統，其地方政權也須納入國民政府的組織體系。整編辦法應由三人小組商定，且商定之日起，中共軍隊應即接受國民政府之統一指揮。中共代表周恩來同意各方觀點，但是強調軍隊屬於人民，必須先政治民主化，才能軍隊國家化。

4. 國民大會：討論重點在於國民大會組織法及選舉法，爭論最激烈的問題則是1936年選出的國民大會舊代表是否有效。國民黨認為國民大會舊代表有效，理由是任務未了依法不能解除，建議增加新代表名額以容納各黨，並提議憲法頒布六個月之內重新選舉行憲國民大會代表。中共則強烈主張重選，理由是事隔十年，整個大環境都已改變，應由改組後的國民政府與政協商定憲法草案，及國大選舉法組織法，重行選舉。

5. 憲法草案：首先國民黨孫科解釋五五憲草，即人民有選舉、罷免、創製、複決四權，政府有立法，行政，司法，監察，考試五能。基本都是孫中山三民主義五權憲法的內容。中共民盟的主張相同，認為總統權力過大，應實行內閣制，並主張以省為自治單位，省長民選。青年黨則認為應組織憲草審議會、採取內閣制及兩院制、認同省自治。主要問題仍在於聯省自治、總統職權、立法院與行政院、監察院關係問題，但因國民黨做出讓步，並無激烈衝突。

1月19日下午，分組委員會開始進入分組協商階段。23日下午，政協會議成立綜合委員會，以便對各項問題作一通盤檢討。綜合委員會由各黨各派出兩人，共十人，包括國民黨王世傑、吳鐵城，共產黨周恩來、董必武，民盟章伯鈞、張東蓀，青年黨曾琦、陳啟天，社會賢達王雲五、傅斯年。

1月25日，爭議最小的憲草、軍事兩組首先協商完畢；次日，施政綱領組也獲得協議，然而政府組織和國民大會兩組協議遲遲未定。27日上午，周恩來、陸定一急回延安請示毛澤東。28日下午，政府組織組獲得協議，僅剩國民大會組仍舊爭論激烈。30日下午，周、陸返回，31日上午9點，國大組和綜合組召開聯席會議討論國民大會問題，下午兩點終於達成協議。至此，政協五個議題全部有了結果：

1. 政府組織決議案

國民政府委員名額分配，總共40名委員，由於分配方式爭執不休，委員們筋疲力盡之後決定同意由國民黨佔半數，其他20名額日後再分配。會後中共為了能夠聯合民盟行使否決權，堅持要求它和民盟必須佔有國府委員會三分之一以上即14名；而青年黨則堅持如果中共超過10席或者民盟席次超過青年黨，就不參加政府。國民黨只同意給中共和民盟12席。這一問題最終成為國共破裂的直接原因之一。

2. 施政綱領決議案

施政綱領部分，對於中共的各項主張，國民黨作出讓步，包括解放區地方政權，暫時維持現狀，等國民政府改組後再解決。這一個讓步使國民政府政令統一的目標完全落空。施政綱領是政協決議的核心部分，其他決議案的內容，例如軍事問題，在此多有闡述。另外，該綱領的大部分內容也成為中華民國憲法的基本國策部分的藍本。

3. 軍事問題決議案

關於整編辦法，國民黨已定六個月內整編為九十師，總人數一百八十萬，共軍先行整編為二十師，總人數四十萬，且由軍事三人小組一個月內商定辦法，其後兩個月內整編完成。在進行此項協商時，國民黨提出了一個迅速整編方案，希望上述兩項整編完竣後，直接進行第二期整編，將全國軍隊混編為五十或者六十個師，這一點獲得民盟支持。但中共希望保持比例整編，而非混合整編。最後以統一整編取代國民黨的混合整編說法，具體辦法由三人小組協商。聯合統帥部則由國民黨提出折中方案，在國防部下設一個建軍委員會，由各方參加。整編前，暫且在軍事委員會下設一個整編考核委員會，容納各方參加。

4. 國民大會決議案

國民大會的最大爭論點在於舊代表是否有效。政府認為依法選舉出來的代表，無法宣布無效，其它黨派則以時隔太久、一黨包辦等理由堅持重選。後來王雲五提出折中方案，放棄舊代表中非經選舉產生的國民黨當然代表和指定代表共二百四十人，另外增加二分之一，共一千八百人。新增加的六百人，國民黨佔二百三十，其它黨派三百七十人。然而中共對於代表人數一直有不同意見。30日晚上，周恩來從延安返回，隔日與國民黨密商。中共因要統戰民盟，又不願讓青年黨太反感，向國民黨秘密提出表面上維持民盟與青年黨平等，各佔一百名，私下國共兩黨各將自己的名額讓出十名送給民盟，這一點在協議文裡面不錄。國民黨為解決僵局，決定同意。最後的實際名額分配是國民黨二百二十，共產黨一百九十，民盟一百二十，青年黨一百，無黨派七十。

5. 憲法草案決議案

憲草問題，因為與會的國民黨代表對五五憲草並不堅持，中共也興趣不大，且仍須經過憲草審議委員會之審議及制憲國民大會的制定，所以爭論較小。國共主要的分歧在於國民黨要由大約二千人（平均每縣一人）的國民大會行使四權（選舉、罷免、創制、複決）；要設置一個強有力的半獨立總統和中央政府，以及分權的五院制度。中共和民盟的要求是四權由人民直接行使，總統權力儘可能受限，採取類似內閣制的行政院與立法院制度，以及類似聯邦制的地方分權政體。最後國民黨幾乎全面讓步，並且與中共不約而同提請民盟的張君勱負責草擬憲稿。

1946年1月31日完成國民大會協議後，下午六時半在國府禮堂舉行第十次會議，由各分組委員會報告並一致通過後，國民政府代表蔣介石、中共代表周恩來、民盟代表張君勱、青年黨代表曾琦、無黨派代表莫德惠相繼致詞，政治協商大會閉幕。

歷史影響：

雖然政治協商會議無法達成國家和平的目標，但對中國近代史的發展仍有重大影響，不僅直接影響國共內戰的結局和中國歷史的走向，在很大程度上也影響了中共的建國綱領和執政理念。

對於中共而言，政協會議的一大成果是民盟與中共結盟形成統一戰線，並在會議中得到國民黨的讓步，暫時保有了軍隊整編和解放區的控制權，成為後來贏得內戰的重要資本。

國民黨對政協會議的評價也很正面，憲草和聯合政府的理論來自政協，青年黨、民社黨也藉由政協的決議獲得國大名額，增加了民主競爭的條件。

而政協中懸而未決的問題，也使原本就難以解決的國共爭端，產生了更大空間。包括：

1. 解放區問題。在施政綱領討論時，政府代表沒有趁機將解放區問題列入討論議題，最後僅列為附記留待以後解決，而秘書長雷震呈交蔣介石施政綱領決議案時遺漏了此條，於是會後解放區問題不僅未能解決，政府「進攻解放區」的行動更成為中共指責政府違反協議的主要藉口之一。

2. 國府委員會代表名額問題。最後的決議案只解決了國民黨的20個名額，共產黨的名額卻未當即處理。由於中共堅持要和民盟佔有14個名額以具有否決權，最後成為聯合政府未能建立、中共拒絕參加國大的直接原因。

3. 東北問題。在政協開會期間，未能趁機討論解決東北駐軍與接收的問題，也成為國共內戰的導火線之一。

4. 憲草問題。憲草問題在政協會上本來問題不大，但因為政府在憲草問題上讓步過大，五五憲草版本被大幅修改，引發國民黨老黨員不滿，國民黨在六屆二中全會上提出修改憲草。然而憲法本身也需要國大通過才能生效，國民黨此舉便成為國共關係惡化的因素之一。