抗戰爆發後，馬占山出任東北挺進軍司令，與中共合作，於山西省進行游擊戰。戰後馬占山任國民政府軍事委員會委員長東北行營政治委員會委員，但多半時間在北平養病；1949年解放軍進攻北平前，馬占山擔任雙方談判的中介，說服傅作義投共。1950年11月29日，馬占山病逝於北京。