中山艦事件之發生始末，由於發生動機不明及事件影響甚鉅，故各地學者對於此事件解讀不一，眾說紛紜：

1. 由於二大之後共產黨已實際取得國民黨的操控權，以政治力量已可穩定壓制蔣中正，實無必要鋌而走險挾持蔣中正，而產生更複雜之局勢，故此可能是蔣中正一手安排，暗傳軍令調動中山艦，刻意製造危機，便可藉此合理打擊共產黨勢力。

2. 由於「孫文主義學會」成員歐陽格(歐陽鐘之叔)與西山會議派關係密切，立場堅決反共，見黨內共產勢力正盛，故而向李之龍假傳蔣中正指令，製造共產黨急於奪權的形象，離間國民黨與共產黨之關係。

3. 汪精衛和共產黨擔心蔣中正其實並非中立派，因而利用同為共產黨之李之龍，以座艦之便將蔣中正綁架至蘇聯，即可立即完全掌控政局。

4. 由於3月之初已有傳聞蘇聯綁架意圖，故蔣中正誤以為中山艦之行動即是為此，而產生激烈行為，未料反而取得最後政權，起源僅是誤會。

現存史料的顯示此事件有可能僅僅是軍隊調度出了問題的偶發事件而引起。

歷史影響：

先且不論中山艦事件之實際發生原因為何，它帶來的影響卻是相當明顯：

1. 此為革命後時期國共的第一次重大正面衝突，相較於之前共產黨的不動聲色滲入國民黨，意圖以政治手段奪權，此次事件讓國民黨能順利排共。雖然與孫中山的方向大肆背離，但卻因此立下國共正式分裂的標誌。

2. 此是國民黨第一次針對蘇聯及中共的當面反擊，蔣中正並因此樹起反俄反共的正義旗幟。

3. 藉此事件，讓國民黨員對於共產黨建立起負面對抗的理念，以簡單二分法，將共產黨員畫為陰謀奪權分子，也讓國民黨能反思本身困境，並開始支持蔣中正之統一理念。