發生過程：

一、北洋軍閥

袁世凱死後，北洋軍分裂為以段祺瑞為首的皖系、以馮國璋為首的直系、以張作霖為首的奉系。當時，北洋政府是中華民國被國際社會所承認的唯一合法政權，取得北洋政府的領導權意味著可以獲得關稅收入和外國貸款。因此，三系最重要的爭奪目標是北洋政府的控制權。在整個軍閥割據時期，北洋政府的控制權經歷了從皖系到直系再到奉系的更迭。

1916年至1920年為皖系控制北洋政府的時期。在第一次府院之爭中，作為總理的段祺瑞與總統黎元洪矛盾重重。在張勳復辟之後，黎元洪在段祺瑞的壓力下被迫下臺，總統職位由馮國璋續任。在之後的第二次府院之爭中，段祺瑞與馮國璋在對護法運動和西南軍閥的意見上不合，段祺瑞和馮國璋兩人於1918年10月共同下野，由段祺瑞控制的安福國會選出徐世昌接任總統一職，而段祺瑞則通過安福國會在背後操縱政權。

1919年12月馮國璋去世，直系軍閥開始由曹錕領導。由於曹錕落選副總統、吳佩孚反對安福國會，直皖矛盾激化。1920年4月，曹錕與奉系等八省軍閥結成反皖同盟，同年7月直皖戰爭爆發，直系和奉系獲勝。戰後，安福國會被解散，其主要成員的徐樹錚、王揖唐、段芝貴等10人被通緝，皖系勢力被嚴重削弱，從此一蹶不振。

然而，直皖戰爭後，直系與奉系由於戰果分配問題發生摩擦，第一次直奉戰爭於1922年爆發，張作霖被擊敗，退出關外，直系取得北京政權。1923年6月，曹錕通過賄選當選總統。1924年，?了反對直系的領導地位，奉系聯合皖系殘部和孫中山的廣東軍政府共同討伐直系，第二次直奉戰爭爆發。直系將領馮玉祥受張作霖之子張學良五十萬獻金，遂倒戈，發動北京政變，囚禁曹錕，導致直系潰敗。然而，馮玉祥與奉系的合作並未長久。北京政變後，馮玉祥邀段祺瑞和孫中山進京，並改編其部為國民軍，坐鎮北京，與奉系分裂。

1925年，敗將吳佩孚發動反奉戰爭，驅逐蘇皖等地的奉系勢力。1926年，張作霖聯合日本勢力揮師南下入關，馮玉祥退出北京至昌平南口防守，奉系佔領京城。此時，張作霖與吳佩孚實現了直奉聯合，組成「討赤聯軍」，將馮玉祥的勢力趕至綏遠。然而事後，張作霖並未給予吳佩孚好處，北洋政府自此之後一直都被奉系所控制，直到北伐結束。

1926年7月，蔣介石開始北伐戰爭，吳佩孚，孫傳芳等被擊敗，馮玉祥、閻錫山等加入國民革命軍。1928年6月4日，張作霖撤離北京，退往關外，被日本關東軍在皇姑屯炸死。6月8日國民革命軍進入北京。12月29日，張學良宣佈東北易幟，名義上接受南京國民政府領導，南京國民政府得到國際承認成為代表中國的合法中央政府，實現形式上的統一，北洋軍閥勢力退出歷史舞臺，但各地方軍閥勢力依舊盤根錯節，各懷鬼胎。

二、西南軍閥

在南方，桂系、滇系、粵系、和親孫中山勢力圍繞著兩廣地區和廣州政府的控制權爭鬥。

在廣西，清朝廣西提督陸榮廷藉由支持辛亥革命和「桂人治桂」的政策成為了廣西都督，之後更通過參與護國戰爭鞏固了其在廣西的統治地位，史稱舊桂系。護國戰爭勝利後，黎元洪大總統任命陸榮廷為廣東督軍，但原廣東督軍龍濟光不願退職。陸榮廷遂派桂軍進攻，擊敗龍濟光，廣東成為舊桂系的勢力範圍。由於不滿黎元洪被架空和段祺瑞控制下的北洋政府，陸榮廷宣佈兩廣自主。

同時，滇系統帥蔡鍔於1916年護國戰爭勝利不久後去世，唐繼堯掌權，坐鎮雲南和貴州，與川系軍閥時有摩擦。1921年，滇系將領顧品珍叛變，滇系分裂為顧品珍部和唐繼堯部。

1917年7月護法運動開始。在陸榮廷與唐繼堯的支持下，孫中山南下廣州，組建軍政府和粵軍，任大元帥，擁軍二萬。陸榮廷和唐繼堯則任元帥。然而，三人漸生嫌隙。1918年4月，滇系和桂系開始排擠孫中山，改大元帥首領制為七總裁合議制，邀西南各省軍閥為總裁，致使孫中山被迫於5月下臺，後赴上海。之後，桂系想要除掉滇系在廣東的影響力，於1918年5月逮捕滇系將領張開儒、槍殺崔文藻。由此，滇系被從廣東逐出，陸榮廷的桂系勢力達到其權力之頂峰。

1920年，直皖戰爭在北方爆發，與此同時，桂系發動第一次粵桂戰爭，派兵攻打親孫中山的粵軍陳炯明和許崇智部，卻被擊敗，退回廣西。孫中山遂從上海返回廣州，於1921年4月改組軍政府為正式政府，召開非常國會，就任非常大總統。6月，桂系為奪回對廣東的控制權，發動了第二次粵桂戰爭，卻再次敗於粵軍。二次的戰敗導致了桂系的分裂，桂系下級軍官李宗仁和白崇禧在混亂中崛起，於1925年擊敗陸榮廷和沈鴻英，再次統一廣西，成為桂系的新首領，是為新桂系。

另一方面，1922年，孫中山在第二次粵桂戰爭勝利後，要求陳炯明北伐，陳不從，被免職。然而，在北方，直奉戰爭後，黎元洪再次就任大總統，護法運動目的達成，各方要求孫中山卸下其非常大總統一職。陳炯明部下葉舉為迫使孫中山下野，出兵圍攻廣州總統府，孫逃亡，再赴上海，史稱「陳炯明叛變」。

1923年1月，孫中山聯合滇系楊希閔部（顧品珍派）、桂系劉震寰部、及倒戈的粵軍，共同討伐陳炯明。2月陳被擊敗，退守東江。孫中山也於2月回到廣州，再任大元帥。1925年，孫中山去世後，蔣介石兩次東征陳炯明。此時，滇系唐繼堯部支持陳炯明，欲聯合新桂系統帥李宗仁，南下進攻廣州國民政府。李宗仁不從，唐繼堯遂派軍入桂，卻被桂軍擊潰，退回雲貴，是為滇桂戰爭。失去援助的陳炯明最後被蔣介石擊敗，被迫解散軍隊，退居香港。

北伐開始之後，桂系和滇系均在名義上統一到了蔣介石的廣州國民政府。1926年，桂軍改編為國民革命軍第七軍，李宗仁任軍長。1928年，滇系龍雲在二六政變中推翻唐繼堯，並打敗對手胡若愚後，也於名義上歸順蔣介石，任雲南省主席。西南軍閥割據時期結束。

歷史影響：

一、政治方面：

各地軍閥的割據混戰，輪流執政，始終無法建立穩定的政權，國家四分五裂，行政措施混亂，政治風氣腐敗。剛萌芽的民主共和體制淪為形式，實際上仍為軍閥專制統治。

在此情況之下，部分知識分子開始思考西方民主共和體制的缺失，尋求更適合中國的政治體制，共產主義思想也藉機萌芽。

為了促成統一，孫中山一方面改組國民黨，在南方培養革命力量，並成立黃埔軍校培植武裝力量，以期對抗北洋軍閥。一方面應段祺瑞之邀，北上會談，可惜不幸病逝，南北和談無望。雖然以武力北伐完成統一，各地擁兵自重的習慣始終存在，經歷數十年內憂外患也無法削減，直到中共政權成立，才完全瓦解。

二、經濟方面：

割據軍閥以擴充軍隊為首要，不考慮開放經濟發展，甚至將商人視為敲詐對象，任意索賄，阻礙實業發展。

由於內戰頻繁，不僅破壞地方建設，也讓經濟陷入危機。軍閥為了維持龐大軍費，徵收重稅，濫發紙幣，財政一片混亂。

三、社會方面：

「地方軍事化」成為當時社會普遍現象，唯有槍桿子才能掌握政權，專制軍人不顧民間生計，隨意收稅、強拉軍伕，導致人民生活困苦，甚至淪為盜匪流寇，影響治安。

四、外交方面：

各地方軍閥背後往往依靠列強的支持，如直系－馮國璋、曹錕、吳佩孚、孫傳芳親英，馮玉祥親俄，奉系張作霖親日。列強藉此繼續擴張，進一步操控中國的政治、經濟、軍事、外交，而部分軍閥為了維護自己的勢力，也經常屈辱妥協，出賣國家主權。

而國民政府為了取得支援，也必須與國外交涉合作，例如國民黨採行聯俄容共政策，取得蘇俄的援助，增強實力以進行北伐。然而蘇聯心懷不軌，國共分分合合也造成更多亂局。