發生過程：

一、戰爭爆發

第一次直奉戰爭結束後，直系軍閥取得政權，企圖進一步以武力統一中國。1924年9月，直系江蘇軍閥齊燮元與親奉的皖系浙江軍閥盧永祥爆發江浙戰爭。9月15日，奉系軍閥張作霖以響應江浙戰爭為由，集結十五萬大軍，分兩路向直系地盤山海關、赤峰、承德進攻。直系則由吳佩孚任「討逆軍總司令」，率二十萬人應戰，彭壽莘為第一軍總司令，王懷慶為第二軍總司令。一開戰奉軍如入無人之境，10月9日佔赤峰，兩軍在山海關激戰。吳佩孚於11日親赴山海關督戰。

二、南方響應

為策應奉皖攻直， 9月18日國民黨發表《北伐宣言》，20日孫中山在韶關誓師，分兵兩路向湘贛進發。10月10日廣州發生商團叛亂，孫率軍回師廣州。10月15日平息叛亂，北伐軍繼續取道江西北上，10月23日發生北京政變，孫中山下令暫停前進。

三、北京政變

由於駐守西北的直系馮玉祥與吳佩孚不和，開戰後王懷慶初敗，馮卻在古北口按兵不前，並與張作霖、段祺瑞締結密約，10月23日馮與孫岳發動「北京政變」，倒戈進京，軟禁曹錕，逼其弟曹銳自殺，驅逐紫禁城中的遜清皇室，宣佈成立「國民軍」，並邀孫中山北上，欲以孫中山主持政事，段祺瑞主持軍事。

四、直系敗亡

政變發生後，在前線督戰的吳佩孚率兵一部回救北京，並急調江浙各省直軍北上馳援，但奉軍由冷口突入長城，直軍後路被截，吳佩孚指揮的直軍敗於馮玉祥之手，山西督理閻錫山出兵京漢鐵路，占石門，山東皖系將領鄭士琦出兵津浦鐵路，占德州，阻止鄂豫直系援軍北上。吳佩孚受奉、馮兩面夾攻，在華北的主力全部覆滅。段祺瑞派人指點吳佩孚從塘沽離去，11月3日上午11點，吳率殘部兩千餘人自塘沽登軍艦南逃，回到長江流域，繼續偏安一隅。

張作霖、馮玉祥等人在天津召開會議，決議成立中華民國執政府與善後會議以取代國會，並推段祺瑞為「中華民國臨時執政」，統總統與總理之職，政權落入奉系軍閥手中。

歷史影響：

第二次直奉戰爭推翻直系把持的政權之後，由於張作霖的奉軍和馮玉祥的國民軍實力相當，互不相服，因此決定推派有資歷有地位、立場相對超然而且手上無軍事實力可以對抗張、馮兩人的第三方勢力，出面主持新政府，而段祺瑞就被雙方認為是最適合的人選，孫文也被邀請北上。孫認為這是創建共和、實現和平的好時機，但1925年1月甫到北京不久就重病入院，3月辭世。

由於段祺瑞原本就是張、馮之間的緩衝，雙方皆不可能授以實權，隨著奉軍與國民軍各自勢力的擴大，利益衝突也日益明顯，各地方軍閥的割據形勢也更加囂張，勢力遠遠凌駕中央政府。1926年段祺瑞被逐出，中央政府垮台。