發生過程：

一、集體屠殺

從12日深夜到13日，敗退下來的幾萬中國潰兵和逃難平民蜂擁至挹江門外的下關一帶，試圖渡江逃離南京。13日，日本陸軍第6師團、第13師團、第16師團從三個方向進攻下關，日本海軍也逆流而上抵達下關江面，數萬中國潰兵和平民被合圍在下關沿江的狹長地帶。在日軍佔領南京的第一天，就殺害了大量潰兵、降兵、俘虜以及難民。

13日清晨，第6師團步兵第45連隊從長江上游向下關進軍，途中殲滅了一支正在逃離的中國部隊。第16師團從南京城東撲向下關，其中步兵第30旅團的先頭部隊上午10點抵達下關，用坦克炮和重機槍射殺在岸邊聚集和正逃往江上的潰兵；第33連隊前進途中殲滅了一千幾百名前往下關的潰兵；第16師團主力的先頭部隊在下午2點30分到達下關，在岸邊用重機槍及高速炮向在江上漂流的潰兵猛烈射擊，日軍稱兩個小時就使2000多人葬身江中。第13師團的山田支隊從長江下游沿南岸進擊，下午佔領烏龍山炮台後通過燕子磯向幕府山炮台前進，途中在幕府山北面長江南岸（即草鞋峽）遭遇大量潰兵和避難民眾，山田支隊至14日清晨共俘虜14777人。同一天，日本海軍第11戰隊突破了烏龍山封鎖線，逆流而上向南京進發，遇到用各種材料在江上順流漂浮的潰兵和難民就用艦炮、機槍和步槍連續射擊。

除了在下關江岸和江面的「殲滅戰」，日軍13日還殺害了大量未能前往下關的潰兵和難民。在城東，大批潰兵和難民從紫金山與幕府山之間向東逃亡時，撞上了在這一帶掃蕩的中島今朝吾第16師團。該師團步兵第30旅團旅團長佐佐木到一在日記中記述，作戰區域內的敵軍屍體，加上裝甲車在江上殲滅的，以及各部隊的俘虜，「我們支隊共解決了兩萬以上的敵軍。」

二、分散屠殺

1937年12月13日，《東京日日新聞》（即現在的《每日新聞》）報導兩名日本軍官的「殺人競賽」。日軍第十六師團中島部隊兩個少尉軍官向井敏明和野田毅在其長官鼓勵下，商定在佔領南京時，誰先殺滿100人為勝者。12月10日中午，兩人在紫金山下相遇，彼此軍刀已砍缺了口。野田謂殺了105人，向井謂殺了106人。因確定不了是誰先達到殺100人之數，決定重新比賽誰殺滿150名中國人。這些暴行都一直在報紙上圖文並茂連載，被稱為「皇軍的英雄」。日本投降後，這兩個戰犯在南京執行槍決。

三、姦淫

據估計，在日軍佔領南京之後一至兩個月內，約有2萬至8萬名中國婦女遭到日軍強姦，包括12歲的幼女、60歲的老婦，乃至孕婦。類似的事件往往導致婦女因折磨而死，受害人或是親屬如果稍有反抗，往往就被日軍殺死，母親身邊的孩子因為哭鬧也經常被日軍一併殺害。此外，日軍還強迫亂倫行為，不從就加以殺害。即使毫不反抗，日軍也可能為湮滅證據而滅門縱火。日軍對婦女的大規模強姦和虐殺直到1938年2月才有所收斂。

四、劫掠與縱火

南京淪陷之後的六個星期之內，日軍幾乎侵入了城內所有的建築物。據統計，城內外23.8%的建築被縱火焚毀，63.0%的建築遭到劫掠，因各種原因遭到破壞的建築合計88.5%。

日軍佔領南京初期，5萬日本士兵從中國難民那裡搶奪了大量生活用品和食物。此後的幾個星期，日軍闖入市內的建築進行了大規模的搶掠，有的時候他們在軍官的組織下將住宅、商店、機關、倉庫等建築洗劫一空，再用軍用車輛把贓物運走，即使各國使館也未能完全倖免。中國文化珍品也遭到了大掠奪。據統計，南京市共損失古物26584件，計商代青銅器、玉器等珍貴文物，字畫7720幅、書籍45979冊。在佔領南京後的一兩年內，日軍、日本憲兵還強佔了大量中國人的店鋪、住宅和建築，有的直接由日軍佔用，有的則無償交給來到南京的日本平民。除了日本軍人，少數日本隨軍記者也加入到搶掠的行徑當中。

從12月19日或20日開始，日軍除了洗劫商店，之後還縱火燒毀。市區南部從中華門到內橋、從太平路到新街口以及夫子廟一帶是南京主要的商業區，幾乎全被燒光，整個市區約三分之一的建築物被焚毀。

五、安全區與救助行動：

1937年11月22日，留駐南京城內的西方人決定仿照饒家駒神父在上海建立南市難民區的模式建立一個「南京安全區」，給來不及撤退的中國難民提供避難所。他們成立了名為「南京安全區國際委員會」的私人機構，推舉西門子洋行駐南京代表約翰‧拉貝任主席。國際委員會劃定的南京安全區以美國駐華大使館所在地和金陵大學、金陵女子文理學院、金陵神學院、金陵中學、鼓樓醫院等教會機構為中心，佔地約3.86平方公里，四面以馬路為界：東面以中山路為界，從新街口至山西路交叉路口；北面從山西路交叉路口向西劃線至西康路；西面從上面提到的北界線向南至漢口路中段（呈拱形）再往東南劃直線，直至上海路與漢中路交叉路口。

中國政府承認了安全區，承諾實現安全區的非軍事化，並且提供給國際委員會現金、糧食和警察。日本方面拒絕承認安全區，但是表示只要安全區沒有中國軍隊駐紮，日軍不會攻擊安全區。但日軍佔領南京後，並未遵守與國際委員會的約定，強行闖入安全區，劫掠財物、姦淫婦女，大肆抓捕青壯年並予殺害。國際委員會就此多次向日本使館及日軍當局提出抗議，要求按國際慣例對安全區予以保護，但是日軍暴行並未收斂。

南京安全區國際委員會下屬26個難民營，其中25個在安全區內，分設在交通部大廈、華僑招待所、金陵女子文理學院、最高法院、金陵大學等處，另有設在城東南雙塘的1個難民營。

1938年1月底，雖然暴行仍在繼續，日軍卻聲稱已經恢復了南京城的秩序，強迫安全區內的難民還家。2月18日，南京安全區國際委員會被迫改稱「南京國際救濟委員會」，國際委員會及難民區不復存在，最後一批難民營被迫於1938年5月關閉。

在日軍入城後長達數月的屠殺期間，安全區內有25萬人，難民所直接管理的難民最多時有7萬人。為了救助數量龐大的難民、維持他們的生活、並庇護他們少受日軍傷害，國際委員會及國際紅十字會南京委員會的20多位西方成員和數百名中國成員，為此進行了艱苦的鬥爭。

除了國際委員會組織的收容所，在城內外還有一些中國人和歐洲人自發組織的難民營，如城北下關的和記洋行、東北郊外的棲霞寺和江南水泥廠等。

南京城外東北郊的句容縣、江寧縣和棲霞山一帶是日軍首先進攻的地區，大量青壯年被殺，婦女被擄走強姦。附近的江南水泥廠和棲霞寺仿效南京安全區的做法設立難民營收容附近的農民，其中也有少數未能撤離的中國官兵。江南水泥廠與丹麥史密斯公司（F.L. Smidth co.）和德國禪臣洋行有商業合同，因此在戰前請兩家公司派代表與留守員工一起守護廠內財產。德商派卡爾‧京特任代理廠長，丹麥人辛德貝格稍後到達，兩人在廠區收容難民最多時有4萬至5萬人。棲霞寺住持寂然法師在寺內也設立了收容所，最多時有2.4萬難民。

城北和記洋行曾收容了大量難民，據應當在一萬人以上，但在這裡避難的難民大部分被日軍捕去殺害。根據倖存者的證詞記錄，僅12月14日一天日軍就從和記洋行帶走並屠殺了數千人。此外，江北六合縣的葛塘集難民營約有難民2000人，城東南的剪子巷老人堂收容了530多人。

歷史影響：

一、統計困難，受難人數無法釐清

南京大屠殺遇難人數一直是各方爭論的焦點，至今沒有一致的結論。由於時間、地點範圍、身分認定、證據等等資料都無法明確界定，目前中國政府和學界皆採信國民政府在戰後軍事法庭的相關審判中確認的30萬遇難人數。

二、中日觀點存在爭議

對於中國來說，30萬這個數字已經成為日本軍國主義在戰爭中對中國人民造成的深切苦難的象徵，因此，在日本右翼試圖美化和否認侵略戰爭的背景下，日本若質疑這一數字就會被中方認為是對侵略歷史的否認。而在日本，尤其是右翼份子來說，30萬這個數字是「東京審判史觀」的象徵，是中方刻意誇張並對日本施加政治壓力的手段。因此直到今日，仍是中日關係之中不可輕易碰觸的敏感歷史問題。